Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cattctcttgttctttttgaatccctccctgtccctgatgatgctattatgtgagtgtgaatgattagttagttatgaggaaatgatgctttttatttagGGTCATCATGTTCATGTGCCACAAATGAGGAACTTTTCTAAGATGGTCTCTGCTGAACAAAAGGAGGAGGGATTAAAGCTGCTAGTGAGTGGGGGTTCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G47340.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209721318|gb|BW659267.1|BW659267
EST:     CCGTCTCCACCCATTGCTTTCATGCTTTCCGATCCCAACTAATCCCCAAG                         GGTCATCATGTTCATGTGCCACAAATGAGGAACTTTTCTAAGATGGTCTCT
genomic: CCGTCTCCACCCATTGCTTTCATGCTTTCCGATCCCAACTAATCCCCAAGgttacctcac ... ttttatttagGGTCATCATGTTCATGTGCCACAAATGAGGAACTTTTCTAAGATGGTCTCT
EST: gi|192304393|gb|FG996715.1|FG996715
EST:     CCGTCTCCACCCATTGCTTTCATGCTTTCCGATCCCAACTAATCCCCAAG                         GGTCATCATGCTCATGTGCCACAAATGAGGGACTTTTCTAAGATGGTCTCT
genomic: CCGTCTCCACCCATTGCTTTCATGCTTTCCGATCCCAACTAATCCCCAAGgttacctcac ... ttttatttagGGTCATCATGTTCATGTGCCACAAATGAGGAACTTTTCTAAGATGGTCTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attatgtgagtgtgaatgattagttagttatgaggaaatgatgctttttatttagGGTCATCATGTTCATGTGCCACAAATGAGGAACTTTTCTAAGATGGTCTCTGCTGAACAAAAGGAGGAGGGATTAAAGCTGCTAGTGAGTGGGGGTTCTC
                                           ctttttattt  CT-rich tract
                                        atgctttttattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cattctcttgttctttttgaatccctccctgtccctgatgatgctattatgtgagtgtgaatgattagttagttatgaggaaatgatgctttttatttagGGTCATCATGTTCATGTGCCACAAATGAGGAACTTTTCTAAGATGGTCTCTGCTGAACAAAAGGAGGAGGGATTAAAGCTGCTAGTGAGTGGGGGTTCTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
cattctc
- - - - - - - - - - - ccctccc
- - - - - - - - - - - - - - -tgtccct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagtgtg