Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agattctgtggggtttcaacttattcatgtgctggatcaacttgtttttatgtgttttgttatataaatataaaaatcgatttaaaatctgtggttacagGATGTTTTGCTTGTGAAGGGTTTGAAGAGTTCCACTTTGGTGTGGAGGCTTGTTGTTTTGACCCTTGCAATGGTATGTGGCGTGTATATATGTTCAATTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G15180.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192300989|gb|FG988904.1|FG988904
EST:     TCTTCCTTAGCCAAG                         GATGTTTTGCTTGTGAAGGGTTTGAAGAGTTCCACTTTGGTGTGGAGGCTT
genomic: TCTTCCTTAGCCAAGgtaagttttt ... gtggttacagGATGTTTTGCTTGTGAAGGGTTTGAAGAGTTCCACTTTGGTGTGGAGGCTT
EST: gi|7684913|gb|AW755561.1|AW755561
EST:     TCCTTTTGAGCTCGTCTACAATGGCCGATGATCTCTCTTCCTTAGCCAAG                         GATGTTTTGCTTGTGAAGGGTTTGAAGAGTTCCACTTTGGTGTGGAGGCTT
genomic: TCCTTTTGAGCTCGTCTACAATGGCCGATGATCTCTCTTCCTTAGCCAAGgtaagttttt ... gtggttacagGATGTTTTGCTTGTGAAGGGTTTGAAGAGTTCCACTTTGGTGTGGAGGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttatgtgttttgttatataaatataaaaatcgatttaaaatctgtggttacagGATGTTTTGCTTGTGAAGGGTTTGAAGAGTTCCACTTTGGTGTGGAGGCTTGTTGTTTTGACCCTTGCAATGGTATGTGGCGTGTATATATGTTCAATTT
     tgtgttttgttatata  TA-rich tract