Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cactttaaggttgatgcattgttttatagacatagttggcaaaggctcaaagtgacactggtttcctgctaatgatctaattgcttttttccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTAAGGCTGTCAAATCAAGTGGTCAAGTGTTTAGGAAGAAAGCTAAAAAGAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G10550.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298195434|gb|HO039265.1|HO039265
EST:     AGGAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGG                         TGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
genomic: AGGAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGGgtgagtcttg ... ccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
EST: gi|26059474|gb|CA802388.1|CA802388
EST:     TGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGG                         TGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
genomic: TGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGGgtgagtcttg ... ccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
EST: gi|15664714|gb|BI702085.1|BI702085
EST:     GTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGG                         TGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
genomic: GTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGGgtgagtcttg ... ccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
EST: gi|37996463|gb|CF808052.1|CF808052
EST:     ATTTAAATGGCTCCTACTAAGG                         TGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
genomic: ATTTAAATGGCTCCTACTAAGGgtgagtcttg ... ccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
EST: gi|16344472|gb|BI970067.1|BI970067
EST:     GAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGG                         TNNNCAATGCCAAANNNGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
genomic: GAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGGgtgagtcttg ... ccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
EST: gi|8284992|gb|BE022551.1|BE022551
EST:     AGGAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGG                         TGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
genomic: AGGAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGGgtgagtcttg ... ccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
EST: gi|6912882|gb|AW394412.1|AW394412
EST:     AGGAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGG                         TGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
genomic: AGGAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGGgtgagtcttg ... ccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
EST: gi|26059369|gb|CA802283.1|CA802283
EST:     GAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGG                         TGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
genomic: GAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGGgtgagtcttg ... ccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
EST: gi|298199563|gb|HO042926.1|HO042926
EST:     AGGAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGG                         TGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
genomic: AGGAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGGgtgagtcttg ... ccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
EST: gi|192324677|gb|FK016838.1|FK016838
EST:     AGGAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGG                         TGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA
genomic: AGGAGGTTGTGTGAATTGCTGGTGAGTGATTTAAATGGCTCCTACTAAGGgtgagtcttg ... ccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcaaagtgacactggtttcctgctaatgatctaattgcttttttccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTAAGGCTGTCAAATCAAGTGGTCAAGTGTTTAGGAAGAAAGCTAAAAAGAT
                                   ttgcttttttccttgt  CT-rich tract
                             atctaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cactttaaggttgatgcattgttttatagacatagttggcaaaggctcaaagtgacactggtttcctgctaatgatctaattgcttttttccttgtgcagTGGACAATGCCAAAAGGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCCTTGAAGACAGCTAAGGCTGTCAAATCAAGTGGTCAAGTGTTTAGGAAGAAAGCTAAAAAGAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA