Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tgtcttggccaattttctctctcactctgtacacatagacacaacaatgcagcggttctagatcttctcattttcttaacattatgttatgttattgcagATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATGCGCAGAGCTAGCAAGGTGATGACAGAGCAAGAGGCTAGGCAGATTCTTGGTGT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G08820.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA02G08820.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT3G59280.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
tgtcttggccaattttctctctcactctgtacacatagacacaacaatgcagcggttctagatcttctca----ttttcttaac-attatgttatgttattgcagATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATGCGCAGAGCTAGCAAGGTGATGACAGAGCAAGAGGCTAGGCAGATTCTTGGTGT
|| | | ||||| | |||| ||| | ||||| || || ||| | | | | ||||| | | | || | |||||||||| || ||| ||||||||| || || |||| |||||| | || ||| | || | || || |||||||||||||||||||||||||||||
--tcata-ttgctgctctcttttactcgataccta-agaca-aagggtggtcaggtatttgttacgaaggagacctgtcttacctaggagaaaattcttttgcagATGCGTCTAAATCTGGTGTTGCGCAGGAAGCAATGCAAAATGGAGTACGTCAAGCAGGGAAAGCCATCACTGAGCAAGAGGCTAGGCAGATTCTTGGTGT atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.aatgcagcggttctagatcttctcattttcttaacattatgttatgttattgcagATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATGCGCAGAGCTAGCAAGGTGATGACAGAGCAAGAGGCTAGGCAGATTCTTGGTGT
tcttaac putative branch site (score: 2)
attttcttaacattat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tgtcttggccaattttctctctcactctgtacacatagacacaacaatgcagcggttctagatcttctcattttcttaacattatgttatgttattgcagATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATGCGCAGAGCTAGCAAGGTGATGACAGAGCAAGAGGCTAGGCAGATTCTTGGTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
tgtcttg
- - - - - - - - ctctctc
- - - - - - - - - - - - ctctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcagcgg