1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ggaagaagatttctgtctcggacatgacaatttatgtgcaaacttttaatattagattatcctgccctctctcaacttttcttttcttaattttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGTGTCAAATGCTACCGGTTACTCAGCGTCAAAGCATGTTCCTATGTGGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G45700.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGEST: gi|7326713|gb|AW620511.1|AW620511
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagcctct ... ttttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG CCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGEST: gi|15813921|gb|BI786196.1|BI786196
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagcctct ... ttttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG CCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGEST: gi|209716108|gb|BW668647.1|BW668647
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagcctct ... ttttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG CCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGEST: gi|193325733|gb|FK292697.1|FK292697
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagcctct ... ttttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG CCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGEST: gi|208113442|gb|GD911137.1|GD911137
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagcctct ... ttttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG CCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGEST: gi|21257131|gb|BQ454019.1|BQ454019
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagcctct ... ttttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG CCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGEST: gi|193425077|gb|FK389400.1|FK389400
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagcctct ... ttttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG CCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagcctct ... ttttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
ttaatattagattatcctgccctctctcaacttttcttttcttaattttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGTGTCAAATGCTACCGGTTACTCAGCGTCAAAGCATGTTCCTATGTGGGA
tcttaat putative branch site (score: 3)
tcctgccctctctcaa CT-rich tract
aacttttcttttctta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggaagaagatttctgtctcggacatgacaatttatgtgcaaacttttaatattagattatcctgccctctctcaacttttcttttcttaattttttccagCCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGTGTCAAATGCTACCGGTTACTCAGCGTCAAAGCATGTTCCTATGTGGGA
- - - - - ttctgtc
- - - - - - - - - - -acatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcaaac