Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtctcttctttcattttcttccttgctagcttgatgatatagagaattgcgccctcaacttatttttgtgatgaaccaaccttttgctttttctttatgaagtttaattcttaatttcgtgtatctttcagGGCTTCAAAGGTGTGGTAAGAGTTGTCGCCTGAGATGGATTAATTATTTGAGGCCTGATATTAGAAGAGGCAGGTTTACACCTGAAGAGGAGAAGTTAAT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G43120.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|192304167|gb|FG993493.1|FG993493EST: CATTACCACTCACGGCTATGGTTGCTGGAGTGAAGTTCCAGAGAAAGCTG GGCTTCAAAGGTGTGGTAAGAGTTGTCGCCTGAGATGGATTAATTATTTGA
genomic: CATTACCACTCACGGCTATGGTTGCTGGAGTGAAGTTCCAGAGAAAGCTGgtctcttctt ... tatctttcagGGCTTCAAAGGTGTGGTAAGAGTTGTCGCCTGAGATGGATTAATTATTTGA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.caaccttttgctttttctttatgaagtttaattcttaatttcgtgtatctttcagGGCTTCAAAGGTGTGGTAAGAGTTGTCGCCTGAGATGGATTAATTATTTGAGGCCTGATATTAGAAGAGGCAGGTTTACACCTGAAGAGGAGAAGTTAAT
tcttaat putative branch site (score: 3)
tatctttc putative PPT
tttttctttatgaagt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtctcttctttcattttcttccttgctagcttgatgatatagagaattgcgccctcaacttatttttgtgatgaaccaaccttttgctttttctttatgaagtttaattcttaatttcgtgtatctttcagGGCTTCAAAGGTGTGGTAAGAGTTGTCGCCTGAGATGGATTAATTATTTGAGGCCTGATATTAGAAGAGGCAGGTTTACACCTGAAGAGGAGAAGTTAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT