Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatatagcttttggttattctgatggaattatgtgtggtacctgtgttggaagtgtaattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G41620.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G41620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os03g40180.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
---------atatatagcttttggttattctgatggaattatgtgtggta-cctgtgttggaagtgtaattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
            |    |      |   ||        |  | |   ||  ||         |     ||   |     |    ||      | || |   ||   | |||||| |||||||| || || ||||||||| | | ||||||||| || || ||| | ||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||  |
gtgagctcctcctccgacgccgcctccctccatcactctcgtctccagtttcccacccctccacctccatctctctcctgatccgtcctccgtcgttttgctgtgcacagGTGCGTACAAGTACGTGTCGGAGCTATGGAGGAGGAAGCAGTCGGACGTGATGAGGTTCGTGCAGCGCGTGCGGTGCTGGGAGTACAGGCAGCAGCCGGC

upper sequence: GLYMA01G41620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G034794_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
atatatagcttttggttattctgatggaattatgtgtggtacctgtgttggaagtgtaattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
   |  |||| | |  | | | | ||      | |  | | |   ||  |   || | |  | |    ||| |  ||| ||| | ||||       | |||||| |||||||| || || ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||  |
--gtg-agctctcgtatttaccgctgatggcctctccgattcgcatgc-gtgggtcttaccg-tgtgtcgtatcattt-tgtcgctgtggc-----acagGTGCGTACAAGTACGTCTCGGAGCTATGGCGGAGGAAGCAGTCCGATGTGATGCGGTTCGTGCAGCGCGTGCGCTGCTGGGAGTACAGGCAGCAGCCGGC

upper sequence: GLYMA01G41620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G024354_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
atatatagcttttggttattctgatggaattatgtgtggtacctgtgttggaagtgtaa-ttgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggca-atagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
                     |||   |||  | ||||||  ||  || | | | | |  ||       ||| |  | | || | || || | | |    ||| || |||||||| || || || |||||| | | ||||||||| || || ||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| || ||
--------------------gtgagcaaatgttctgtggtctctccgt-gcaggcgaacctttgcgcgtcgtctc-tctctgatagtctgttcgtcgcgcagGGGCGTACAAGTACGTGTCGGAACTATGGAGGAGGAAGCAGTCGGACGTGATGCGCTTCGTGCAGCGCGTGCGCTGCTGGGAGTACAGGCAGCAGCCGTC

upper sequence: GLYMA01G41620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G180724_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
atatatagcttttggttattctgatggaattatgtgtggtacctgtgttggaagtgtaattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
   |  || | | || ||              | |  | | |   ||   |   | | |  | ||    |  | |||| |   | ||||         ||| || ||||||||||| || ||| ||||| | | |||||| || || || ||||| ||| ||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||  |
--gtg-agttctcggctac------aaggccgtctccgattcgcatgcatgggtttttac-ggtatgttgcatcgtttct--cgctgtggc-----gcagGGGCGTACAAGTATGTCTCGGAGTTATGGAGGAGGAAGCAATCCGACGTGATGCGGTTCGTGCAGCGCGTGCGCTGCTGGGAGTACAGGCAGCAGCCGGC

upper sequence: GLYMA01G41620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT4G16720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
-------------------------------------------------atatatagcttttggttattc-tgatggaattatgtgtggtacctgtgttggaagtgtaattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
                                                  || || | ||  | || | | |  |    | |  ||  ||  ||||   | |  ||| ||||  |||     | | |||   || | ||||||  | ||||||| ||||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||| ||||| ||| | ||| | ||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||
gtaaatccttcttctccatcccttcttctagatcaaatcctctcgtttcttagatcgattcagcttctccattgtttgttcaaatgatgtttctgttacgtatctgttattg-caaactacttagctta--atgatttgattgata-tagGTGCGTACAAGTATGTATCTGAGCTATGGAGGAAGAAACAGTCCGATGTGATGAGATTCCTCCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTACAGACAGCAACCTTC

upper sequence: GLYMA01G41620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv16s0013g02020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
----atatatagcttttggttattctgatggaattatgtgtggtacctgtgttggaagtgt---aattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
      |   ||||||   | | |||  |    |    |      |   | || |   | |   | |||      | |||| ||    ||| |     ||||| |||| || |||||||| || || ||||||||| | |||||||| || ||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||||
gtaagcaccaagctttccttcactctctttttctctacttccaagcggatattagggttttccgatttgtggcttcctgttattggcattgttcgtggtggcattagGGGCTTACAAGTACGTGTCGGAGCTATGGAGGAAGAAGCAATCCGATGTGATGAGGTTCTTGCAGAGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCACCCTTC

upper sequence: GLYMA01G41620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv15s0021g02480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
-----atatatagcttttggttattctgatggaattatgtgtggtacctgtgttggaagtgtaattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
     ||  |  |  |     | || | | |  ||| | | |  |   | | ||  || |    || ||   |  ||  ||||   | ||| |   ||     ||| || |||| ||||||||| ||  ||||| | ||||||||||| ||||| ||| | ||  ||||| |||| ||||||||||||||| | || || |||||
tgtaaattaactgaatgaaagtgttattaagttattttattttatttttatttttaaattt---tttatttgagttgaggtttt--tcggttttggtgatgtcagGGGCTTACATGTATGTTTCTGAATTATGGAGAAAGAAGCAGTCCGATGTTATGAGGTTTCTGCAGAGGGTCAGGTGCTGGGAGTATCGCCAACACCCTTC

upper sequence: GLYMA01G41620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S152_141V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
----------------------------------------------------------------------atatatagcttttggttattctgatggaattatgtgtggtac--ctgtgttggaagtgtaattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
                                                                       | | ||  ||||     |||   | ||  | || |  ||      | | |  || || | ||  |      | || ||| | ||  |   |||  |   |||||| ||||||||  |    ||||| ||| | |||||||||||||||||  |||| ||||||| ||| ||| | ||||||||||| |||||||  ||   
gtattcattcccagctccctctctctctagcgctgcgtagctgcgtagctgcgtttttttattttttttattttttatttttttccctttccttttgaggtttgcgcagtgtgatcgagatctaactggagttttttttttttttttttttttttttttaaatttcctccagGTGCGTACAAGTACATCGAGGAGCTGTGGAGGAAGAAGCAGTCTGATGTGCTGCGTTTCTTGCTGCGTGTGCGCTGCTGGGAGTACAGGCAGCTCCCCGG

upper sequence: GLYMA01G41620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S34_445V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
---atatatagcttttggttattctga--tggaattatgtgtggtacctgtgttggaagtgtaattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
    |  |  ||| ||   | |||  |  | || ||  ||  | |    || || |  || | ||||    |  || | || | | ||| |    |||     ||| |||||||||||  ||   ||| | ||||| |||||||||||||||||  |||| || |||| ||| ||| | ||||||||||| |||||||  ||   
ttggtgcaatgctgttcaattttcacaattagagttccgtcggttcggagttttaggtgt-tgattgtctgattgt-tggtatttattgatt---ttgctctcagGCGCCTACAAGTACATTGAGGAGTTGTGGCGGAAGAAGCAGTCTGATGTGCTGCGGTTTTTGCTGCGTGTGCGCTGCTGGGAGTACAGGCAGCTCCCCGG

upper sequence: GLYMA01G41620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S28_15V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
-atatatagcttttggttattctgatggaattatgtgtggtacctgtgttggaagtgtaattga---taaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
  |  ||||||    |||   | | ||    |   ||| ||   |||    ||| |||   ||    |     || || ||||| ||| | || || |   |||| || ||||| ||  ||   ||||||||||| ||||||||||| |||||  |||| |||||||  || ||| | ||||||||||| |||||||  ||   
cttcgatagctac--gttgcaccggtgttgcttcatgttgttagtgttggcgaattgtgtatggggtttcggggtcttatttat-ttgttttggtttgtt-tagGGGCGTACAAATACATTGAGGAGCTATGGCGGAAGAAGCAGTCCGATGTGTTGCGATTCTTGCTTCGTGTGCGCTGCTGGGAGTACAGGCAGCTTCCCGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8827482|gb|BE211212.1|BE211212
EST:     GGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|192325178|gb|FK019094.1|FK019094
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCCGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|192306014|gb|FG993632.1|FG993632
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|7925418|gb|AW831383.1|AW831383
EST:     GGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|21601936|gb|BQ612267.1|BQ612267
EST:     GGCGCGGGCGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|33388238|gb|CA851445.1|CA851445
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|151411045|gb|EV280856.1|EV280856
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|58019970|gb|CX706712.1|CX706712
EST:     AGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|15287650|gb|BI471541.1|BI471541
EST:     GTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|33387885|gb|CA851092.1|CA851092
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|13251744|gb|BG362647.1|BG362647
EST:     GCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|14258822|gb|BG881730.1|BG881730
EST:     GGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|7232366|gb|AW567723.1|AW567723
EST:     GTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|193429363|gb|FK398511.1|FK398511
EST:     GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|298167401|gb|HO012664.1|HO012664
EST:     GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|23731204|gb|BU763714.1|BU763714
EST:     GTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|7796785|gb|AW782179.1|AW782179
EST:     GCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|298180302|gb|HO025503.1|HO025503
EST:     GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|209720139|gb|BW659499.1|BW659499
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|193354576|gb|FK319084.1|FK319084
EST:     GCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|192308065|gb|FK000393.1|FK000393
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|298164066|gb|HO013711.1|HO013711
EST:     GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGCGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|9259246|gb|BE347454.1|BE347454
EST:     GCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|15338221|gb|BI498885.1|BI498885
EST:     CTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GAGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: CTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|151393270|gb|EV263145.1|EV263145
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|254319417|gb|GR830657.1|GR830657
EST:     GCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|192319637|gb|FK013721.1|FK013721
EST:     AG-TGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGT-GTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|192293950|gb|FG987119.1|FG987119
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|192331282|gb|FK023779.1|FK023779
EST:     GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|308099173|gb|HO761014.1|HO761014
EST:     CGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: CGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|17518840|gb|BM187882.1|BM187882
EST:     CCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: CCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|151408354|gb|EV278162.1|EV278162
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGGACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|207810578|gb|GD781687.1|GD781687
EST:     GCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTTTGGTTGTACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTG--TGG-TG-ACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|11688999|gb|BF596605.1|BF596605
EST:     GGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|6567079|gb|AW234706.1|AW234706
EST:     TGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: TGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|151393063|gb|EV262938.1|EV262938
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|151399683|gb|EV269554.1|EV269554
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|192323708|gb|FK016014.1|FK016014
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|192329240|gb|FK020159.1|FK020159
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|9984067|gb|BE658224.1|BE658224
EST:     ACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATG-TTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: ACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|192324387|gb|FK015738.1|FK015738
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|298177243|gb|HO023490.1|HO023490
EST:     AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: AGTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|151402199|gb|EV272012.1|EV272012
EST:     GTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|9439915|gb|BE440427.1|BE440427
EST:     GTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|14258879|gb|BG881787.1|BG881787
EST:     GGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|209699233|gb|BW670193.1|BW670193
EST:     GTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GTTGGCGCGGGTGAGGTAGAACCC-TTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|21601861|gb|BQ612192.1|BQ612192
EST:     GTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|192309193|gb|FG999434.1|FG999434
EST:     GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: GGCGCGGGTGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
EST: gi|9259367|gb|BE347514.1|BE347514
EST:     TGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA
genomic: TGAGGTAGAACCCTTCCACTGTGGTGACTCTGCGATGGgtactgcctc ... ttggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttggaagtgtaattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC
            aattgat  putative branch site (score: 4)
         tgtaattgataaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atatatagcttttggttattctgatggaattatgtgtggtacctgtgttggaagtgtaattgataaaacgtgttgtttatgttggtgtgattggcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCAGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTCATGCGCTTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATAGGCAGCAACCTTC

- - - -gcttttg
- - - - - - - - - -tctgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gataaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtgtg