1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ctctcttcaatcaaatcaatgaattttccacttgggaaaatgggaatcttgattttgtttactgtgagttgaactttgcgatggaattgctttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGGGAATTGACTCTCTGGGTGGTTTCCATCTATCGTTAGATGCCATTTTGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G40650.4 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGTATCG GGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGGEST: gi|7693502|gb|AW761594.1|AW761594
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGTATCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGTATCG GGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGGEST: gi|20813512|gb|BQ297990.1|BQ297990
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGTATCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGTATCG GGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGGEST: gi|20811609|gb|BQ296087.1|BQ296087
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGTATCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGTATCG GGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGTATCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
atcttgattttgtttactgtgagttgaactttgcgatggaattgctttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGGGAATTGACTCTCTGGGTGGTTTCCATCTATCGTTAGATGCCATTTTGGA
tcttgat putative branch site (score: 4)
ctttgtttc putative PPT
attttgttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctctcttcaatcaaatcaatgaattttccacttgggaaaatgggaatcttgattttgtttactgtgagttgaactttgcgatggaattgctttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCTGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGGGAATTGACTCTCTGGGTGGTTTCCATCTATCGTTAGATGCCATTTTGGA
- ctcttca
- - - - - - - - caatgaa
- - - - - - - - - - - - - -ccacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcgatg