Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cataggcagtgggagacaccattgtagttatcagggttagtgtatgcttcataaacatttttttcttcaaaggataagccaagttgtgttattggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTACAACAAGATAAGAGTGATTGACTAGCTTGGGTGTGTCCAAAGATCAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G36070.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G36070.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT4G35460.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
cataggcagtggg--agacaccattgtagttatcagggttagtgtatgcttcataaacatttttttcttcaa-aggataagccaagttgtgttattggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTACAACAAGATAAGAGTGATTGACTAGCTTGGGTGTGTCCAAAGATCAGAAG
   || |  | |   | | |   ||||  | |  | | | | ||  |  |  ||  | |      |  ||   |    || |   |||   ||  | ||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |  |||| |  || |||| |||||||||||||  |  |||   |    |  || |||    
---agtctttagagtaaagagtcttgttttcacaatgttcaatgcttattctattcatagagcaataatcgtcattgcaaactctgtttgattgattgtgtagGGTGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAGCATTACTTACAAGAGATTGGATCTCAGCAAGGTAAGAGTGATTGAGGAAATTGTTGGAAGGCTCAGGTCATTGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208302087|gb|GE100829.1|GE100829
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207840127|gb|GD811286.1|GD811286
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193521589|gb|FK477710.1|FK477710
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|15589695|gb|BI674311.1|BI674311
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193302628|gb|FK266138.1|FK266138
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207693718|gb|GD676301.1|GD676301
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207830639|gb|GD802485.1|GD802485
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTAAGGTTT
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTT--GGTTT
EST: gi|207840390|gb|GD813145.1|GD813145
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207814840|gb|GD788077.1|GD788077
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208124558|gb|GD925096.1|GD925096
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193729098|gb|FK665136.1|FK665136
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208060561|gb|GD860025.1|GD860025
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193695566|gb|FK633422.1|FK633422
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193301331|gb|FK268646.1|FK268646
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAACGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193717833|gb|FK651257.1|FK651257
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193668396|gb|FK608560.1|FK608560
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTAC-AAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208035538|gb|GD837268.1|GD837268
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAACGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193714901|gb|FK651608.1|FK651608
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208316135|gb|GE111047.1|GE111047
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTA
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGC-AGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTA
EST: gi|193460481|gb|FK426242.1|FK426242
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAA-TGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208292615|gb|GE092519.1|GE092519
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207690665|gb|GD672457.1|GD672457
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193337876|gb|FK305015.1|FK305015
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCTGCTTTGGATGCAGAAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAAC
EST: gi|193445918|gb|FK414409.1|FK414409
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCAGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAA-TGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193526764|gb|FK485004.1|FK485004
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193449380|gb|FK416415.1|FK416415
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATG
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATG
EST: gi|207821080|gb|GD792189.1|GD792189
EST:     ACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: ACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTAC-TGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193601195|gb|FK553056.1|FK553056
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAAAACATTACCTAC-AAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193731500|gb|FK663646.1|FK663646
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193711015|gb|FK647810.1|FK647810
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193484814|gb|FK452066.1|FK452066
EST:     GGATGTCCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207846704|gb|GD818587.1|GD818587
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208326694|gb|GE118948.1|GE118948
EST:     ACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: ACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193565092|gb|FK520963.1|FK520963
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAA-TGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208024901|gb|GD826575.1|GD826575
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTT
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTT
EST: gi|120529947|gb|EH258081.1|EH258081
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193534168|gb|FK489883.1|FK489883
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAAATGTTGGTTTA
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAA-TGTTGGTTTA
EST: gi|193396107|gb|FK361862.1|FK361862
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATG
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATG
EST: gi|193724379|gb|FK657639.1|FK657639
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193708586|gb|FK644978.1|FK644978
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208176838|gb|GD977687.1|GD977687
EST:     GATTGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GA-TGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208119004|gb|GD914697.1|GD914697
EST:     CTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: CTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193452560|gb|FK418000.1|FK418000
EST:     GGATGTCCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208160597|gb|GD960461.1|GD960461
EST:     ATGTTTCTAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: ATG-TTC-AGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193638072|gb|FK585390.1|FK585390
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193567688|gb|FK527385.1|FK527385
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAA-TGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193444893|gb|FK405291.1|FK405291
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCTGCTTTGGATGCAGAACATTACCTGCAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|16276447|gb|BI941864.1|BI941864
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCANAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208124565|gb|GD925103.1|GD925103
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207741388|gb|GD716656.1|GD716656
EST:     CTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: CTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207711720|gb|GD694196.1|GD694196
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAAATGTTGGTTTA
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAA-TGTTGGTTTA
EST: gi|193603968|gb|FK559773.1|FK559773
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193680494|gb|FK623616.1|FK623616
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208283711|gb|GE087269.1|GE087269
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193337193|gb|FK304981.1|FK304981
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193619148|gb|FK568412.1|FK568412
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAAAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207829559|gb|GD803617.1|GD803617
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207789061|gb|GD759373.1|GD759373
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAACGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193570823|gb|FK529926.1|FK529926
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208074717|gb|GD869516.1|GD869516
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208288150|gb|GE083085.1|GE083085
EST:     ACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: ACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193455525|gb|FK420930.1|FK420930
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCTGCTTTGGATGCAGAACATTACCT
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCT
EST: gi|193401720|gb|FK365833.1|FK365833
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207782693|gb|GD754446.1|GD754446
EST:     ACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTAACAAAATGTTGGTTTA
genomic: ACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCT-ACAAAATGTTGGTTTA
EST: gi|213591804|gb|DB977274.1|DB977274
EST:     TCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCCTA-TACTGCTGCTGGATACCT-                         -ATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTA
genomic: TCAGGACAAGAAGTATAGGCAAG-CTATTACTGCTGCTGG-CA-CTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTA
EST: gi|193545061|gb|FK502210.1|FK502210
EST:     GGATGTTCGGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATCACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207757712|gb|GD728654.1|GD728654
EST:     ATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: ATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208038541|gb|GD833713.1|GD833713
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208090159|gb|GD890024.1|GD890024
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208323951|gb|GE124426.1|GE124426
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|207779274|gb|GD753002.1|GD753002
EST:     ACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: ACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208219397|gb|GE020187.1|GE020187
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|208138211|gb|GD936831.1|GD936831
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCTGCTTTGGATGCAGAACATTACCTGCAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
EST: gi|193322580|gb|FK289908.1|FK289908
EST:     GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAAATGTTGGTTTA
genomic: GGATGTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAA-TGTTGGTTTA
EST: gi|193731482|gb|FK663628.1|FK663628
EST:     GATGTTTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTG                         GATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC
genomic: GATG-TTCAGGACAAGAAGTATAGGCAAGCTATTACTGCTGCTGGCACTGgtaagttaca ... attggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttcataaacatttttttcttcaaaggataagccaagttgtgttattggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTACAACAAGATAAGAGTGATTGACTAGCTTGGGTGTGTCCAAAGATCAGAAG
     ataaacatttttttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cataggcagtgggagacaccattgtagttatcagggttagtgtatgcttcataaacatttttttcttcaaaggataagccaagttgtgttattggtacagGATGCATGGCAGCTTTGGATGCAGAACATTACCTACAAAATGTTGGTTTACAACAAGATAAGAGTGATTGACTAGCTTGGGTGTGTCCAAAGATCAGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - gtgggag
- - - - - - - -acaccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agttgtg