1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tttaaagttatatagttggtttgatggattgatgaggtgtggttttttggtgtgtgagtggagtggtattgtaatttggaattttctcttgattttgcagTTGGTTATGCTGTTGTGGAGTTACTTCTCTGTTGTTTTTACCGATCCGGGCAGTGTCCCTCCAAACTGGAAGCCTATGATTGATGAGGAAAGAGGAGAGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G34270.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACTTGATTCTCTTGTTGCCTTGGCAGTGTTGATTTTGTTTCATAGCTTG TTGGTTATGCTGTTGTGGAGTTACTTCTCTGTTGTTTTTACTGATCCGGGCEST: gi|213600372|gb|DB966165.1|DB966165
genomic: GACTTGATTCTCTTGTTGCCTTGGCAGTGTTGATTTTGTTTCATAGCTTGgtgagcttct ... gattttgcagTTGGTTATGCTGTTGTGGAGTTACTTCTCTGTTGTTTTTACCGATCCGGGC
EST: GACTTGATTCTCTTGTTGCCTTGGCAGTGTTGATTTTGTTTCATAGCTTG TTGGTTATGCTGTTGTGGAGTTACTTCTCTGTTGTTTTTACCGATCCGGGCEST: gi|213614042|gb|DB971103.1|DB971103
genomic: GACTTGATTCTCTTGTTGCCTTGGCAGTGTTGATTTTGTTTCATAGCTTGgtgagcttct ... gattttgcagTTGGTTATGCTGTTGTGGAGTTACTTCTCTGTTGTTTTTACCGATCCGGGC
EST: GACTTGATTCTCTTGTTGCCTTGGCAGTGTTGATTTTGTTTCATAGCTTG TTGGTTATGCTGTTGTGGAGTTACTTCTCTGTTGTTTTTACCGATCCGGGC
genomic: GACTTGATTCTCTTGTTGCCTTGGCAGTGTTGATTTTGTTTCATAGCTTGgtgagcttct ... gattttgcagTTGGTTATGCTGTTGTGGAGTTACTTCTCTGTTGTTTTTACCGATCCGGGC
tttggtgtgtgagtggagtggtattgtaatttggaattttctcttgattttgcagTTGGTTATGCTGTTGTGGAGTTACTTCTCTGTTGTTTTTACCGATCCGGGCAGTGTCCCTCCAAACTGGAAGCCTATGATTGATGAGGAAAGAGGAGAGG
tcttgat putative branch site (score: 4)
ttttctcttgatttt CT-rich tract
taatttggaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttaaagttatatagttggtttgatggattgatgaggtgtggttttttggtgtgtgagtggagtggtattgtaatttggaattttctcttgattttgcagTTGGTTATGCTGTTGTGGAGTTACTTCTCTGTTGTTTTTACCGATCCGGGCAGTGTCCCTCCAAACTGGAAGCCTATGATTGATGAGGAAAGAGGAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - gttggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ggtgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggagtgg