1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tttctacaaggatctatggagaaatttatccaaatagggcctaactgtttgttccaattccatgatttgagttgagactggttaatcttgtgatgttcagTTGGAGGATGGCTGGCTACACTTTGTGTGACTGGTATGACAGCTATTGGAGTAAGGAAAGCAGTGAAGACAGAGTTGATAGATGCTGAGCCTATGGAGAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G01340.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTTAAAGATATTCCCCCTTCTTCTGCCATCAAAATTTGCTTTATTGTAG TTGGAGGATGGCTGGCTACACTTTGTGTCACTGGTATGACAGCTATTGGAGEST: gi|192322157|gb|FK014053.1|FK014053
genomic: TCTTAAAGATATTCCCCCTTCTTCTGCCATCAAAATTTGCTTTATTGTAGgtatagatta ... tgatgttcagTTGGAGGATGGCTGGCTACACTTTGTGTGACTGGTATGACAGCTATTGGAG
EST: TCTTAAAGATATTCCCCCTTCTTCTGCCATCAAAATTTGCTTTATTGTAG TTGGAGGATGGCTGGCTACACTTTGTGTGACTGGTATGACAGCTATTGGAGEST: gi|16105357|gb|BI893097.1|BI893097
genomic: TCTTAAAGATATTCCCCCTTCTTCTGCCATCAAAATTTGCTTTATTGTAGgtatagatta ... tgatgttcagTTGGAGGATGGCTGGCTACACTTTGTGTGACTGGTATGACAGCTATTGGAG
EST: TCTTAAAGATATTCCCCCTTCTTCTGCCATCAAAATTTGCTTTATTGTAG TTGGAGGATGGCTGGCTACACTTTGTGTGACTGGTATGACAGCTATTGGAG
genomic: TCTTAAAGATATTCCCCCTTCTTCTGCCATCAAAATTTGCTTTATTGTAGgtatagatta ... tgatgttcagTTGGAGGATGGCTGGCTACACTTTGTGTGACTGGTATGACAGCTATTGGAG
tgtttgttccaattccatgatttgagttgagactggttaatcttgtgatgttcagTTGGAGGATGGCTGGCTACACTTTGTGTGACTGGTATGACAGCTATTGGAGTAAGGAAAGCAGTGAAGACAGAGTTGATAGATGCTGAGCCTATGGAGAA
ggttaat putative branch site (score: 4)
ttaatctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttctacaaggatctatggagaaatttatccaaatagggcctaactgtttgttccaattccatgatttgagttgagactggttaatcttgtgatgttcagTTGGAGGATGGCTGGCTACACTTTGTGTGACTGGTATGACAGCTATTGGAGTAAGGAAAGCAGTGAAGACAGAGTTGATAGATGCTGAGCCTATGGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- -ctacaag
- - - - - - - - - - - - - -atccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctaactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actggtt