1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaagtaactaacttcccttttatcctgtaattgttcccaatcacaataatatcgggggtttagaaattattattgaattattttttaatttgtgaactcagGTTGAGTGCTCCCACATGGCTGACATGGCAAAGGAGATTGTTGAAGCTAATGGTTACTCTAATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G00690.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGATTTTATCACTATTTTGTGCCAAAGCAGGGGCAGAACACGTCTATGCG GTTGAGTGCTCCCACATGGCTGACATGGCAAAGGAGATTGTTGAAGCTAATEST: gi|208220363|gb|GE020271.1|GE020271
genomic: GGATTTTATCACTATTTTGTGCCAAAGCAGGGGCAGAACACGTCTATGCGgtaagtaact ... gtgaactcagGTTGAGTGCTCCCACATGGCTGACATGGCAAAGGAGATTGTTGAAGCTAAT
EST: GGATTTTATCACTATTTTGTGCCAAAGCAGGGGCAGAACACGTCTATGCG GTTGAGTGCTCCCACATGGCTGACATGGCAAAGGAGAATTGTTAGAAGCTA
genomic: GGATTTTATCACTATTTTGTGCCAAAGCAGGGGCAGAACACGTCTATGCGgtaagtaact ... gtgaactcagGTTGAGTGCTCCCACATGGCTGACATGGCAAAGGAGA-TTGTT-GAAGCTA
taatatcgggggtttagaaattattattgaattattttttaatttgtgaactcagGTTGAGTGCTCCCACATGGCTGACATGGCAAAGGAGATTGTTGAAGCTAATGGTTACTCTAATG
ttttaat putative branch site (score: 3)
tttagaaattattatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtaactaacttcccttttatcctgtaattgttcccaatcacaataatatcgggggtttagaaattattattgaattattttttaatttgtgaactcagGTTGAGTGCTCCCACATGGCTGACATGGCAAAGGAGATTGTTGAAGCTAATGGTTACTCTAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC