Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgattttgggtattctaaaaggactgtgttatatgtaaaaatatatcaagatattggctgaaattttaaactttttgtgcttttgttatgccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGCTTTGGAACTTAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA0084S00210.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151395373|gb|EV265244.1|EV265244
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|120529166|gb|EH257300.1|EH257300
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|209707530|gb|BW664989.1|BW664989
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|209727804|gb|BW658728.1|BW658728
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|120495419|gb|EH223586.1|EH223586
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|120529421|gb|EH257555.1|EH257555
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|213604531|gb|DB970651.1|DB970651
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|20075803|gb|BQ094586.1|BQ094586
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|213601172|gb|DB964665.1|DB964665
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|21255897|gb|BQ452785.1|BQ452785
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|213618118|gb|DB965275.1|DB965275
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|192299755|gb|FG990050.1|FG990050
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|10231986|gb|BE800874.1|BE800874
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|213608298|gb|DB972640.1|DB972640
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|17519052|gb|BM188094.1|BM188094
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|17400112|gb|BM176894.1|BM176894
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|13181127|gb|BG352467.1|BG352467
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|12489534|gb|BG043056.1|BG043056
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|209724769|gb|BW672551.1|BW672551
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|120494745|gb|EH222912.1|EH222912
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|9258335|gb|BE346482.1|BE346482
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|213587655|gb|DB971378.1|DB971378
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATAC-C
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
EST: gi|9902620|gb|BE611651.1|BE611651
EST:     GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGG                         GTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC
genomic: GCTTTGCTTCCTTTGATCTTTCGTTTTGCCACTGGAGTTTTCGTTTCTGGgtaactatac ... gccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaagatattggctgaaattttaaactttttgtgcttttgttatgccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGCTTTGGAACTTAATG
              tgaaattttaaacttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgattttgggtattctaaaaggactgtgttatatgtaaaaatatatcaagatattggctgaaattttaaactttttgtgcttttgttatgccatggcagGTATTCTTTTTCAATTGTTTCTAAGGATGAAATTCCTACAGACGAATATGCTTTGGAACTTAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - gactgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggctga