1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...acaatttactctgggctgctgctgcttcctgtcacgtggctgcgtgcctgcctgatgacgcctgtgcccttcccctgcccttcccgccgtgctgctgcagCCTGATGATGACCCTAG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP01749 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCCGCGCGCGCCCGCATGCCTGCCTGGTTCGAGTGGTACTCAGGCTTCAG CCTGATGATGACCCTAGEST: gi|22066456|gb|BQ816950.1|BQ816950
genomic: GCCGCGCGCGCCCGCATGCCTGCCTGGTTCGAGTGGTACTCAGGCTTCAGgtgggtgtga ... gctgctgcagCCTGATGATGACCCTAG
EST: GCCGCGCGCGCCCGCATGCCTGCCTGGTTCGAGTGGTACTCAGGCTTCAG CCTGATGATGACCCTAGEST: gi|15699975|gb|BI724280.1|BI724280
genomic: GCCGCGCGCGCCCGCATGCCTGCCTGGTTCGAGTGGTACTCAGGCTTCAGgtgggtgtga ... gctgctgcagCCTGATGATGACCCTAG
EST: GCCGCGCGCGCCCGCATGCCTGCCTGGTTCGAGTGGTACTCAGGCTTCAG CCTGATGATGACCCTAG
genomic: GCCGCGCGCGCCCGCATGCCTGCCTGGTTCGAGTGGTACTCAGGCTTCAGgtgggtgtga ... gctgctgcagCCTGATGATGACCCTAG
gcctgcctgatgacgcctgtgcccttcccctgcccttcccgccgtgctgctgcagCCTGATGATGACCCTAG
gcctgat putative branch site (score: 4)
cccttcccctgccctt putative PPT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acaatttactctgggctgctgctgcttcctgtcacgtggctgcgtgcctgcctgatgacgcctgtgcccttcccctgcccttcccgccgtgctgctgcagCCTGATGATGACCCTAG
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