Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattgaatggccagcacgggtgatcaggcgcattggcactgtttggcgcgtgtttgttgacccgccgccggctccttgaagcggctagcgatcgcgtatgcgcgtggctgcattaaacccatactgtgataacacgtgcaatggcgatcaaccgcagGTATCGCACGCAGCTGTGCAACGACGGCATTGGGTGCAAGCGGAAGGTGTGCTTCTTCGCGCACACGCTGGAGGAGCTGCGCGTCTCCAACGTCAAGCTG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP05922
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6550443|gb|AV396227.1|AV396227
EST:     GCGTGCCCATACGCGCACAACGTGTTCGAGTACTGGATGCACCCAAGCAG                         GTATCGCACGCAGCTGTGCAACGACGGCATTGGGTGCAAGCGGAAGGTGTG
genomic: GCGTGCCCATACGCGCACAACGTGTTCGAGTACTGGATGCACCCAAGCAGgtaattgaat ... tcaaccgcagGTATCGCACGCAGCTGTGCAACGACGGCATTGGGTGCAAGCGGAAGGTGTG
EST: gi|10783076|gb|AV639748.1|AV639748
EST:     GCGTGCCCATACGCGCACAACGTGTTCGAGTACTGGATGCACCCAAGCAG                         GTATCGCACGC
genomic: GCGTGCCCATACGCGCACAACGTGTTCGAGTACTGGATGCACCCAAGCAGgtaattgaat ... tcaaccgcagGTATCGCACGC
EST: gi|10786272|gb|AV642944.1|AV642944
EST:     GCGTGCCCATACGCGCACAACGTGTTCGAGTACTGGATGCACCCAAGCAG                         GTATCGCACGCAGCTGTGCAACGACGGCATTGGGTGCAAGCGGAAGGTGTG
genomic: GCGTGCCCATACGCGCACAACGTGTTCGAGTACTGGATGCACCCAAGCAGgtaattgaat ... tcaaccgcagGTATCGCACGCAGCTGTGCAACGACGGCATTGGGTGCAAGCGGAAGGTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgtggctgcattaaacccatactgtgataacacgtgcaatggcgatcaaccgcagGTATCGCACGCAGCTGTGCAACGACGGCATTGGGTGCAAGCGGAAGGTGTGCTTCTTCGCGCACACGCTGGAGGAGCTGCGCGTCTCCAACGTCAAGCTG
                        tgataac  putative branch site (score: 2)
         attaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaattgaatggccagcacgggtgatcaggcgcattggcactgtttggcgcgtgtttgttgacccgccgccggctccttgaagcggctagcgatcgcgtatgcgcgtggctgcattaaacccatactgtgataacacgtgcaatggcgatcaaccgcagGTATCGCACGCAGCTGTGCAACGACGGCATTGGGTGCAAGCGGAAGGTGTGCTTCTTCGCGCACACGCTGGAGGAGCTGCGCGTCTCCAACGTCAAGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG