1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gtgtccaacccattccactccacgtcacccaagcatgcatcccatcaagcacccgtccaccgaccccgcgcaccgcacgcccccaaacgcccccccgcagCACCAGCAACGAGAAGGAGTTCATGACGGAGTACGTGGTGACGCGCTGGTACCGCGCCCCCGAGCTGCTGCTGAGCTGCAGCGGCTACACCACTGCCATC
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO98258 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACGCCAACTGCGACCTCAAAATCTGCGACTTTGGCCTTGCACGGACCAG CACCAGCAACGAGAAGGAGTTCATGACGGAGTACGTGGTGACGCGCTGGTA
genomic: AACGCCAACTGCGACCTCAAAATCTGCGACTTCGGCCTTGCACGGACCAGgtgcgtgcct ... ccccccgcagCACCAGCAACGAGAAGGAGTTCATGACGGAGTACGTGGTGACGCGCTGGTA
caagcacccgtccaccgaccccgcgcaccgcacgcccccaaacgcccccccgcagCACCAGCAACGAGAAGGAGTTCATGACGGAGTACGTGGTGACGCGCTGGTACCGCGCCCCCGAGCTGCTGCTGAGCTGCAGCGGCTACACCACTGCCATC
cgccccccc CT-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgtccaacccattccactccacgtcacccaagcatgcatcccatcaagcacccgtccaccgaccccgcgcaccgcacgcccccaaacgcccccccgcagCACCAGCAACGAGAAGGAGTTCATGACGGAGTACGTGGTGACGCGCTGGTACCGCGCCCCCGAGCTGCTGCTGAGCTGCAGCGGCTACACCACTGCCATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - -caaccca
- - - - - - - - - - - - tcaccca
- - - - - - - - - - - - - - - - gcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcaagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgcgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cgcacgc
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