Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   
24  
 5'  3'   
25  
 5'  3'   
26  
 5'  3'   
27  
 5'  3'   
28  
 5'  3'   
29  
 5'  3'   
30  
 5'  3'   
31  
 5'  3'   
32  
 5'  3'   
33  
 5'  3'   
34  
 5'  3'   
35  
 5'  3'   
36  
 5'  3'   
37  
 5'  3'   
38  
 5'  3'   
39  
 5'  3'   
40  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctgttggtggtggtggctggctggctggctagctaatgatgcttgagcgaggttacaaatagctggtcgtgttgatactgtagcctgctgtggatggattgccctaacaaagcgataaccgattgcagGCTACAAGTACTATGGCCTGAAGAATGGCTACGAGTGCGTAGTGCCGCGCAATTTTGCCGCTGGCGCCGACGCCGATGCCCTCACGCGCCTGGGCCCCAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP06551
intron # 38
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|49461956|gb|BP089869.1|BP089869
EST:     CTTTACCACCATGACTCCGCGCGTATGCAGCCTCTTGGCGCGCTCCGGAG                         GCTACAAGTACTATGGCCTGAAGAATGGCTACGAGTGCGTAGTGCCGCGCA
genomic: CTTTACCACCATGACTCCGCGCGTATGCAGCCTCTTGGCGCGCTCCGGAGgtaagctgtt ... ccgattgcagGCTACAAGTACTATGGCCTGAAGAATGGCTACGAGTGCGTAGTGCCGCGCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatactgtagcctgctgtggatggattgccctaacaaagcgataaccgattgcagGCTACAAGTACTATGGCCTGAAGAATGGCTACGAGTGCGTAGTGCCGCGCAATTTTGCCGCTGGCGCCGACGCCGATGCCCTCACGCGCCTGGGCCCCAG
                               taacaaa  TA-rich tract