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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctgcgacaacaaacaacgcccgcgcgtgtggcagttccgcctgtgtcggtactcccgatctgtcgcctgatctccctctcctcgtgcttgtaccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGTGCAGAAGATGACCTTCGACTCGTACCTGTACAAGACCGTGGTGCCCGGC

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP09986
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10776210|gb|AV632890.1|AV632890
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|161793876|gb|FC078788.1|FC078788
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|161807707|gb|FC096441.1|FC096441
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|10773930|gb|AV624753.1|AV624753
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|161801821|gb|FC088759.1|FC088759
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|6540859|gb|AV386643.1|AV386643
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|23367708|gb|BU655526.1|BU655526
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|161819826|gb|FC110201.1|FC110201
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|10774903|gb|AV625726.1|AV625726
EST:     CCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: CCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|161792969|gb|FC081287.1|FC081287
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|161814142|gb|FC100075.1|FC100075
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|161811101|gb|FC095304.1|FC095304
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|49460667|gb|BP088580.1|BP088580
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|10793633|gb|AV630999.1|AV630999
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|161820455|gb|FC106982.1|FC106982
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|161806756|gb|FC093125.1|FC093125
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|10776367|gb|AV633047.1|AV633047
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGA
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGA
EST: gi|49459791|gb|BP087704.1|BP087704
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|49460096|gb|BP088009.1|BP088009
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|10780528|gb|AV637208.1|AV637208
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|6544537|gb|AV390321.1|AV390321
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
EST: gi|7686781|gb|AW757429.1|AW757429
EST:     TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCG                         CTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT
genomic: TACTGGACCACCTACAAGGTGCTGGACATCCTGCAGAAGGTGTTCTACCGgtgagttgat ... taccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcggtactcccgatctgtcgcctgatctccctctcctcgtgcttgtaccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGTGCAGAAGATGACCTTCGACTCGTACCTGTACAAGACCGTGGTGCCCGGC
                   gcctgat  putative branch site (score: 4)
                         tctccctctcctcgtg  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ctgcgacaacaaacaacgcccgcgcgtgtggcagttccgcctgtgtcggtactcccgatctgtcgcctgatctccctctcctcgtgcttgtaccttgcagCTCCAACCCTGCCCGCGAGGCCTTCGTGGAGCTGTGCGAGGACAGCTACGTGCAGAAGATGACCTTCGACTCGTACCTGTACAAGACCGTGGTGCCCGGC

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- - - - acaaaca
- - - - - - - - - - - -gcgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcttg