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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctacgcagccttctcaggcattttaggttcagagtattaaccagtccttttcctggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGATTTTCGCTGAGGCGCTCGCTCTTTACGGCCTGATTG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP08338
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EDP08338 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA14G23990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-------------------------------gtaagtctacgcagccttctcaggcattttaggttcagagtattaaccagtccttttcctggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGATTTTCGCTGAGGCGCTCGCTCTTTACGGCCTGATTG--------------
                                ||  |||| | |   || | |   | |  |   |  ||   | |   ||    || | |   |  ||| ||||| |||||||| || |||||||| || ||||||||||| ||  ||||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||              
tgcttttctcagctaaattatagtttgtttcatagatctatgtaatgttattattaactgaatacttggacgctgagtaaggtaattccttttttgtcagGGCTAATGCCCAGCAGCCGAAGCTGTTTGTTGGTATGATTCTTATCTTGATTTTCGCTGAAGCTCTTGCTCTGTATGGCCTCATTGTGGGTATCATCCTC

upper sequence: EDP08338 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G03470.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
--------------------------gtaagtctacgcagcct-----tctcaggcattttaggttcagagtattaaccagtccttttcctggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGATTTTCGCTGAGGCGCTCGCTCTTTACGGCCTGATTG--------------
                          |||  |||| | |   |     |       |  | |      ||  | | |  |      |||||   |   || ||||| ||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||  ||||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||              
tctcagctaaaactatagtttgtttcgtagatctatgtaatatgtatgttattattaactgaatacttgaacactgagtaaggtgattcctttttgttagAGCTAATGCCCAGCAACCGAAGCTGTTTGTTGGCATGATTCTTATCTTGATTTTCGCTGAAGCTCTTGCTCTGTATGGCCTCATTGTGGGTATCATCCTC

upper sequence: EDP08338 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv18s0001g02650.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
-------------------------------gtaagtctacgcagccttctcaggcattttaggttcagagtattaaccagtccttttcctggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGATTTTCGCTGAGGCGCTCGCTCTTTACGGCCTGATTG--------------
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acttctctcccctcccccctcatttgaaatgaaacatcaaatcctccattgatggtgttgtatatgtttaccttttttcccctgttgggattattttcagGGCTAATGCACAGCAGCCAAAGCTGTTTGTGGGTATGATTCTCATCCTCATCTTTGCTGAAGCGCTTGCTCTTTATGGCCTGATTGTCGGCATCATTCTT

upper sequence: EDP08338 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S45_100V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaagtctacgcagccttctcaggcattttaggttcagagtattaac-cagtccttttcctggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGATTTTCGCTGAGGCGCTCGCTCTTTACGGCCTGATTG--------------
                                                                                                                                   || ||| || |      | |   |  || | | |   |  | |||||   |    |  | | | |||||| || || || ||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||  | || || ||||| |              
gtagcggacgaacccttgcaatgtggtgatgtatgggaatacgtagtgaagttggaaagagagatgtaatcgggattgaaatggattcgcagagggttcacggtgatggacatgaggtttgaggatgcagagtgagt-tatgggagggtttggtgtgttgtggatgtggt-tgttaacgtggaggatggcatcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATTTTCGCTGAGGCGCTTGCCTTGTATGGACTGATCGTCGGCATTATCTTG

upper sequence: EDP08338 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S45_97V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaagtctacgcagccttctcaggcattttaggttcagagtattaac-cagtccttttcctggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGATTTTCGCTGAGGCGCTCGCTCTTTACGGCCTGATTG--------------
                                                                                                                                   || ||| |  |      | |   |  || | | |   |  | |||||   |    |  | | | |||||| || || || ||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||  | || || ||||| |              
gtagcggacgaacccttgcaatgtggtgatgtatgggaatacgtagtgaagttggaaagagagatgtaatcgggattgaaatggattcgcagagggttcacggtgatggacatgaggtttgaggatgcagagtgagt-tgtgggagggtttggtgtgttgtggatgtggt-tgttaacgtggaggatggcatcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATTTTCGCTGAGGCGCTTGCCTTGTATGGACTGATCGTCGGCATTATCTTG

upper sequence: EDP08338 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S200_79V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
-----------------------------------------------------------------------------------------------gtaagtctacgca---gccttctcaggcattttaggttcagagtattaaccagtccttttcctg---gcttg-----------------cagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGATTTTCGCTGAGGCGCTCGCTCTTTACGGCCTGATTG--------------
                                                                                                || ||  | |||   |   ||| ||| ||  |  ||| |    |||      || | | | ||    ||||                 ||| || || || || || ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| || || |              
gtacttgacaaagccttgcaatgtggcgatgtaccaaaatacgttttgaagttggagtcaatagtctgccaatctggattcaattcgtagaggctttacgttcatgcacgtgatatctgagg-atgctgagttgatgccatttgttgatcatgtccttgttaacttggaggatggggttttgtgcagGGCCAATGCGCAACAGCCCAAGCTGTTTGTAGGAATGATCCTGATTCTGATTTTCGCCGAGGCGCTGGCTTTATACGGACTTATCGTGGGTATCATTCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22072483|gb|BQ821821.1|BQ821821
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|161814081|gb|FC100053.1|FC100053
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|239842148|gb|GR284005.1|GR284005
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|8576729|gb|BE129366.1|BE129366
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|34992949|gb|CF566866.1|CF566866
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|49466218|gb|BP094131.1|BP094131
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|161823061|gb|FC106631.1|FC106631
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|14234760|gb|BG853576.1|BG853576
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|10773256|gb|AV624079.1|AV624079
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|22075286|gb|BQ824062.1|BQ824062
EST:     GCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|10770655|gb|AV621480.1|AV621480
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|22072482|gb|BQ821820.1|BQ821820
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|7615657|gb|AW721097.1|AW721097
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|14234925|gb|BG853741.1|BG853741
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|161815628|gb|FC102640.1|FC102640
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|7615656|gb|AW721096.1|AW721096
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|161820547|gb|FC111039.1|FC111039
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|15367772|gb|BI527198.1|BI527198
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|161796663|gb|FC084501.1|FC084501
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|8513970|gb|BE121865.1|BE121865
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|16433852|gb|BI999078.1|BI999078
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|6543063|gb|AV388847.1|AV388847
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|10772636|gb|AV623459.1|AV623459
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAC
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|14231506|gb|BG850322.1|BG850322
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|16073465|gb|BI875461.1|BI875461
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|16071875|gb|BI873871.1|BI873871
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|6546207|gb|AV391991.1|AV391991
EST:     GCGATT-GCATCG-TGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTTACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|9210136|gb|BE337051.1|BE337051
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|7545626|gb|AW676114.1|AW676114
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|10127215|gb|BE725919.1|BE725919
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|22073320|gb|BQ822658.1|BQ822658
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|14234759|gb|BG853575.1|BG853575
EST:     GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCG                         CGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
genomic: GGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCATCGTTGGCGACGCCGGTGTGCGgtaagtctac ... tggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGAT
EST: gi|22048641|gb|BQ808298.1|BQ808298
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccttctcaggcattttaggttcagagtattaaccagtccttttcctggcttgcagCGCTAACGCCCAGCAACCCAAGCTGTTCGTCGGTATGATTCTGATTCTGATTTTCGCTGAGGCGCTCGCTCTTTACGGCCTGATTG
                          tattaac  putative branch site (score: 1)
                                    tccttttcctggctt  putative PPT
                        agtattaa  TA-rich tract