1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tcgatgggtgctgctcgtgctggaaccctgtcatgtacagccaccagcaggaccaacgtctgattctcggggttctgtgtggtgtgtgcctgtcattcagGTGGCTGAGACGCTGCCCGCTGATGCCCTGGAGAAGATGCATGCCCCGCCCAAGCCTGACGACATCCCGGTGATGGAGACCAGCAAGCTGCCAGACGCCG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP08043 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAGACGGCGCTGGAGAGCACTGGGGACGTGGAGGCGCACCTGTTCAGG GTGGCTGAGACGCTGCCCGCTGATGCCCTGGAGAAGATGCATGCCCCGCCC
genomic: ACAAGACGGCGCTGGAGAGCACTGGGGACGTGGAGGCGCACCTGTTCAGGgtgggtgggc ... tgtcattcagGTGGCTGAGACGCTGCCCGCTGATGCCCTGGAGAAGATGCATGCCCCGCCC
agcaggaccaacgtctgattctcggggttctgtgtggtgtgtgcctgtcattcagGTGGCTGAGACGCTGCCCGCTGATGCCCTGGAGAAGATGCATGCCCCGCCCAAGCCTGACGACATCCCGGTGATGGAGACCAGCAAGCTGCCAGACGCCG
gtctgat putative branch site (score: 4)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcgatgggtgctgctcgtgctggaaccctgtcatgtacagccaccagcaggaccaacgtctgattctcggggttctgtgtggtgtgtgcctgtcattcagGTGGCTGAGACGCTGCCCGCTGATGCCCTGGAGAAGATGCATGCCCCGCCCAAGCCTGACGACATCCCGGTGATGGAGACCAGCAAGCTGCCAGACGCCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- -atgggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - atgtaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - accagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accaacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtgc