1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...accacacccgcactcacaccgcaccacaccacaccataccgcacaccacgcgccacgcacactacttatgcctgctactccgccccctgtcctctgccagGGCGACGAGCCGGTGGTGTGGCGGGGGCCCATGGTGAACAACGCCTTTGACAAGATGCTGTTCGGCACGGAGTGGGGGCTGCTGGACGTGCTGGTGGTGG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP06500 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ccacgcgccacgcacactacttatgcctgctactccgccccctgtcctctgccagGGCGACGAGCCGGTGGTGTGGCGGGGGCCCATGGTGAACAACGCCTTTGACAAGATGCTGTTCGGCACGGAGTGGGGGCTGCTGGACGTGCTGGTGGTGG
ctactccgccccctgt CT-rich tract
tacttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| accacacccgcactcacaccgcaccacaccacaccataccgcacaccacgcgccacgcacactacttatgcctgctactccgccccctgtcctctgccagGGCGACGAGCCGGTGGTGTGGCGGGGGCCCATGGTGAACAACGCCTTTGACAAGATGCTGTTCGGCACGGAGTGGGGGCTGCTGGACGTGCTGGTGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
accacac
- cacaccc
- - - - - -actcaca
- - - - - - - - - - - - - - - acaccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cgcacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacgcgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acgcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgcctg