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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gggggctagggactgggccgagcaagtttataaaagaacgggcccttcaatgcgtgcggtgttgtaactcgagcgcttgcgccatttctgctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCTCCCCGCGAGGGCGGCGGCTTCGGCCGCGGTGCCGACAAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP00807
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22065184|gb|BQ816221.1|BQ816221
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EST: gi|7545761|gb|AW676249.1|AW676249
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EST: gi|22055366|gb|BQ811781.1|BQ811781
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
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EST: gi|10791471|gb|AV628837.1|AV628837
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EST: gi|8400927|gb|BE056561.1|BE056561
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
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EST: gi|22055736|gb|BQ811996.1|BQ811996
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EST: gi|22076840|gb|BQ825616.1|BQ825616
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EST: gi|16072808|gb|BI874804.1|BI874804
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EST: gi|22055379|gb|BQ811789.1|BQ811789
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|9210490|gb|BE337405.1|BE337405
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EST: gi|34991020|gb|CF564937.1|CF564937
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EST: gi|15700711|gb|BI725016.1|BI725016
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EST: gi|16073576|gb|BI875572.1|BI875572
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
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EST: gi|10785308|gb|AV641980.1|AV641980
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCCAGGGCTACCGCGGT
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EST: gi|22057747|gb|BQ812714.1|BQ812714
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
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EST: gi|6544611|gb|AV390395.1|AV390395
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|161799488|gb|FC086075.1|FC086075
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|22058393|gb|BQ812976.1|BQ812976
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
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EST: gi|15702705|gb|BI727010.1|BI727010
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTACGGTGGCCCC
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCC
EST: gi|15372078|gb|BI531504.1|BI531504
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|9459975|gb|BE453002.1|BE453002
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCNGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|16073280|gb|BI875276.1|BI875276
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|22072326|gb|BQ821664.1|BQ821664
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTG
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTG
EST: gi|34988701|gb|CF562618.1|CF562618
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|23363360|gb|BU651180.1|BU651180
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
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EST: gi|22053726|gb|BQ810904.1|BQ810904
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|34984781|gb|CF558698.1|CF558698
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|34991521|gb|CF565438.1|CF565438
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|22055477|gb|BQ811843.1|BQ811843
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|22056585|gb|BQ812368.1|BQ812368
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|161813106|gb|FC104681.1|FC104681
EST:     GCCCGCCCATGCGGGGCGGGGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|22055837|gb|BQ812082.1|BQ812082
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|22052860|gb|BQ810443.1|BQ810443
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
EST: gi|161813107|gb|FC104682.1|FC104682
EST:     GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAG                         GGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT
genomic: GCCCGCCCATGCGCGGCGGCGACCGCGGCGACCGCCCGCCCCGCCGTGAGgtgaggagga ... ctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcaatgcgtgcggtgttgtaactcgagcgcttgcgccatttctgctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCTCCCCGCGAGGGCGGCGGCTTCGGCCGCGGTGCCGACAAG
                ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                                       tttctgct  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gggggctagggactgggccgagcaagtttataaaagaacgggcccttcaatgcgtgcggtgttgtaactcgagcgcttgcgccatttctgctgcgtgcagGGTGGCTTCGGTGGCCCCCGCGAGGGTGGCCGCGAGGGCTACCGCGGTGCTCCCCGCGAGGGCGGCGGCTTCGGCCGCGGTGCCGACAAG

- - - - - - - - - - - - agtttat
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