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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtcgcgcttgagttgaccttctagttgccacgcacctgaacgcgctcaattattgcgactgcagTTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGGGCCTGGCTTGCGGTCTCGCCGGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCAT

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP08338
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22072483|gb|BQ821821.1|BQ821821
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EST: gi|161814081|gb|FC100053.1|FC100053
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EST: gi|239842148|gb|GR284005.1|GR284005
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EST: gi|34992949|gb|CF566866.1|CF566866
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EST:     TGTGCTCGGTATCTACGGCCTGATTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCG                         TTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG
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EST:     TGTGCTCGGTATCTACGGCCTGATTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCG                         TTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG
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genomic: TGTGCTCGGTATCTACGGCCTGATTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCGgtgagtcgcg ... gcgactgcagTTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG
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EST:     TGTGCTCGGTATCTACGGCCTGATTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCG                         TTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG
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EST:     TGTGCTCGGTATCTACGGCCTGATTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCG                         TTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG
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EST:     TGTGCTCGGTATCTACGGCCTGATTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCG                         TTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG
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EST: gi|23364391|gb|BU652211.1|BU652211
EST:     TGTGCTCGGTATCTACGGCCTGATTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCG                         TTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG
genomic: TGTGCTCGGTATCTACGGCCTGATTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCGgtgagtcgcg ... gcgactgcagTTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG
EST: gi|161815473|gb|FC104838.1|FC104838
EST:     TGTGCTCGGTATCTACGGCCTGATTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCG                         TTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG
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genomic: TGTGCTCGGTATCTACGGCCTGATTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCGgtgagtcgcg ... gcgactgcagTTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG
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genomic: TTATTGCTGTGATCATCTCCACCGGCGgtgagtcgcg ... gcgactgcagTTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagttgaccttctagttgccacgcacctgaacgcgctcaattattgcgactgcagTTAACCCCGCCACCTACAAGCTCTACGATGGCTTTGCTCACCTGGCCTCGGGCCTGGCTTGCGGTCTCGCCGGTCTGGCTGCGGGTATGGCGATTGGCAT
 agttgac  putative branch site (score: 4)
                                    tcaattatt  TA-rich tract