1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ggcgaccagtagccggctgttatggcgtgtaagctgcttgcagccacaccatcggagtcctgcaaaccgtgcacggcacccttgacgtgcccacttgcagGTGCGGCTGTCCATCAGCCACAAGGCCGAGGGGGATGACAACCTGCTCACAGTGGTGGAGGCAGTGCGCAGCAGTGTGGATGCGGGGCTGGACGAGCGGC
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP08057 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
acaccatcggagtcctgcaaaccgtgcacggcacccttgacgtgcccacttgcagGTGCGGCTGTCCATCAGCCACAAGGCCGAGGGGGATGACAACCTGCTCACAGTGGTGGAGGCAGTGCGCAGCAGTGTGGATGCGGGGCTGGACGAGCGGC
ccttgac putative branch site (score: 4)
cccactt putative PPT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggcgaccagtagccggctgttatggcgtgtaagctgcttgcagccacaccatcggagtcctgcaaaccgtgcacggcacccttgacgtgcccacttgcagGTGCGGCTGTCCATCAGCCACAAGGCCGAGGGGGATGACAACCTGCTCACAGTGGTGGAGGCAGTGCGCAGCAGTGTGGATGCGGGGCTGGACGAGCGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - gcgtgta
- - - - - - - - - - - - - - - - -ctgcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agccaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cgtgcac