1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaaatgggttacaggaccaccatcgcaacgtgtaccagctccgccggcgctactaccatgcacgcgaccctccaggccctgacctctgtgctccgactgctgacagGCTACAGCTTAACCAAGGCACACCGGTGCCTATGGGTGTGGTGCTGCGCGACGCAGTGCGCGAGGGCGGCATTGCGCAGCTGTACCGTGGCGCTCTGCCG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP07984 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCCTCATCGAGGGCGTATGCGTCCAGCCCTTGGAGTTCCTAAAAACCCG GCTACAGCTTAACCAAGGCACACCGGTGCCTATGGGTGTGGTGCTGCGCGAEST: gi|23363648|gb|BU651468.1|BU651468
genomic: GGCCTCATCGAGGGCGTATGCGTCCAGCCCTTGGAGTTCCTAAAAACCCGgtaaatgggt ... ctgctgacagGCTACAGCTTAACCAAGGCACACCGGTGCCTATGGGTGTGGTGCTGCGCGA
EST: GGGCGTATGCGTCCAGCCCTTGGAGTTCCTAAAAACCCG GCTACAGCTTAACCAAGGCACACCGGTGCCTATGGGTGTGGTGCTGCGCGAEST: gi|22072401|gb|BQ821739.1|BQ821739
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actaccatgcacgcgaccctccaggccctgacctctgtgctccgactgctgacagGCTACAGCTTAACCAAGGCACACCGGTGCCTATGGGTGTGGTGCTGCGCGACGCAGTGCGCGAGGGCGGCATTGCGCAGCTGTACCGTGGCGCTCTGCCG
ccctgac putative branch site (score: 3)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaatgggttacaggaccaccatcgcaacgtgtaccagctccgccggcgctactaccatgcacgcgaccctccaggccctgacctctgtgctccgactgctgacagGCTACAGCTTAACCAAGGCACACCGGTGCCTATGGGTGTGGTGCTGCGCGACGCAGTGCGCGAGGGCGGCATTGCGCAGCTGTACCGTGGCGCTCTGCCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
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