Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggagtaaaacacaaaactaccgtgctgaatgcggtgttgaattcgccgggtcaactcgccccctgggccaaatacttcctcggatatgtgtcttatctcgcctctgtgtgcgcagGATCTTTCTATCGGCTGCCGTGATCATGGTCAACAAGTATGTGCTGTCGATGAGCGGCTTTCCTTACCCGGTTGCCCTTACCTGCACGCACATGGGCTTC

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP07669
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15697603|gb|BI721908.1|BI721908
EST:     TAACATATTCGTACATGTTCATATG                         GATCTTTCTATCGGCTGCCGTGATCATGGTCAACAAGTATGTGCTGTCGAT
genomic: TAACATATTCGTACATGTTCATATGgtaaggagta ... gtgtgcgcagGATCTTTCTATCGGCTGCCGTGATCATGGTCAACAAGTATGTGCTGTCGAT
EST: gi|15695856|gb|BI720161.1|BI720161
EST:     TAACATATTCGTACATGTTCATATG                         GATCTTTCTATCGGCTGCCGTGATCATGGTCAACAAGTATGTGCTGTCGAT
genomic: TAACATATTCGTACATGTTCATATGgtaaggagta ... gtgtgcgcagGATCTTTCTATCGGCTGCCGTGATCATGGTCAACAAGTATGTGCTGTCGAT
EST: gi|10790752|gb|AV628118.1|AV628118
EST:     TAACATATTCGTACATGTTCATATG                         GATCTTTCTATCGGCTGCCGTGATCATGGTCAACAAGTATGTGCTGTCGAT
genomic: TAACATATTCGTACATGTTCATATGgtaaggagta ... gtgtgcgcagGATCTTTCTATCGGCTGCCGTGATCATGGTCAACAAGTATGTGCTGTCGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccctgggccaaatacttcctcggatatgtgtcttatctcgcctctgtgtgcgcagGATCTTTCTATCGGCTGCCGTGATCATGGTCAACAAGTATGTGCTGTCGATGAGCGGCTTTCCTTACCCGGTTGCCCTTACCTGCACGCACATGGGCTTC
                                        cctctgt  CT-rich tract
         aaatactt  TA-rich tract