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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctcctctgctatgctcaagatgcttggactgcgctaactgggcgtgtcgcgctgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCGTCGAGCAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO96511
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EDO96511 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g52470.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
----------------------------------------------------------------gtaagctcctctgctatgctcaagatgcttggactgcgctaactgggcgtgtcgcgctgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGC-CGTCGAGCAG----------------------------------------
                                                                || ||          ||  | | |  | | |   |||| |    ||| | |    |    | |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |     |  |                                        
gtgagtgtttttcatcaagcaaaatttggattcgatcgatctgtcgctttggatctctgtgtgtgtgagtgggggatggatagtaatgtggatcgatgtgcgttt-tggggtgggggttggaattctgcagGGAAGTCGACGCTCACTGACTCGCTGGTGGCGGCGGCCGGCATCATCGCGCAGGACGTGGCCGGCGACGTGCGGATGACGGACACGCGCGCGGACGAGGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10791349|gb|AV628715.1|AV628715
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|10785284|gb|AV641956.1|AV641956
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|10793274|gb|AV630640.1|AV630640
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|49470017|gb|BP097878.1|BP097878
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|10785289|gb|AV641961.1|AV641961
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|6549703|gb|AV395487.1|AV395487
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|49467703|gb|BP095564.1|BP095564
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|6550191|gb|AV395975.1|AV395975
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGA-TGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|49470396|gb|BP098257.1|BP098257
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|49470014|gb|BP097875.1|BP097875
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|6548316|gb|AV394100.1|AV394100
EST:     TCCTCACAACTNATCCGCAACATAGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         T
genomic: -CCTCACAAC--ATCCGCAACAT-GAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcag-
EST: gi|6547997|gb|AV393781.1|AV393781
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|10792930|gb|AV630296.1|AV630296
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EST: gi|10783097|gb|AV639769.1|AV639769
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EST: gi|49469838|gb|BP097699.1|BP097699
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EST: gi|6547778|gb|AV393562.1|AV393562
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EST: gi|10784896|gb|AV641568.1|AV641568
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EST: gi|49470537|gb|BP098398.1|BP098398
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|10790907|gb|AV628273.1|AV628273
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EST: gi|10790512|gb|AV627878.1|AV627878
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EST: gi|10788726|gb|AV626446.1|AV626446
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EST: gi|10783464|gb|AV640136.1|AV640136
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|10785119|gb|AV641791.1|AV641791
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EST: gi|49465643|gb|BP093556.1|BP093556
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EST: gi|49465112|gb|BP093025.1|BP093025
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EST: gi|49468939|gb|BP096800.1|BP096800
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EST: gi|49467512|gb|BP095425.1|BP095425
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EST: gi|49466982|gb|BP094895.1|BP094895
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EST: gi|49470645|gb|BP098506.1|BP098506
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EST: gi|10791576|gb|AV628942.1|AV628942
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|49469638|gb|BP097499.1|BP097499
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|49468636|gb|BP096497.1|BP096497
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|6549253|gb|AV395037.1|AV395037
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|10788769|gb|AV626489.1|AV626489
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|49465809|gb|BP093722.1|BP093722
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|6549398|gb|AV395182.1|AV395182
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|10784275|gb|AV640947.1|AV640947
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|10783684|gb|AV640356.1|AV640356
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtaagctcctctgctatgctcaagatgcttggactgcgctaactgggcgtgtcgcgctgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCGTCGAGCAG

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