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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cctggctataacttgttaagtatagtaatcaagcagtagtgttacaaacccgttcttataattcttacggccaccatgaatgttaccctccgccctccagGACCTTACTCGCCTGGCTCTGGAGGAGGGCTGTGGCGAGGCGCCCGCCCCCGCGCCGCAGCACGTGCCGGGCGGCTTCTACGCCTGGAGTCCGGCGGAGG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP02827
intron # 16
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaacccgttcttataattcttacggccaccatgaatgttaccctccgccctccagGACCTTACTCGCCTGGCTCTGGAGGAGGGCTGTGGCGAGGCGCCCGCCCCCGCGCCGCAGCACGTGCCGGGCGGCTTCTACGCCTGGAGTCCGGCGGAGG
                ttcttac  putative branch site (score: 2)
                                     ttaccctccgccctcc  putative PPT
       ttcttataattctta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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cctggctataacttgttaagtatagtaatcaagcagtagtgttacaaacccgttcttataattcttacggccaccatgaatgttaccctccgccctccagGACCTTACTCGCCTGGCTCTGGAGGAGGGCTGTGGCGAGGCGCCCGCCCCCGCGCCGCAGCACGTGCCGGGCGGCTTCTACGCCTGGAGTCCGGCGGAGG

- - - - - - - - taagtat
- - - - - - - - - - - - - - tcaagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaatgt