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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgcatggcgtgtgcacggcgtgcgtttgcgcgtgggggcagctcccgtgtgcttcacccgcaacgccaagccgtgcagtggcaatatcaggggcgcagtgtcgaccgcctcacactcacagccgctggctgaccacgaaccaggccacactgaacaccccttgtgtcgcggctgccctcctgctccgcacccacagCGTGGTGGGCTCGGCGCCTCTGTCCGCCATCAGCCGCGCGCTCAACGCCGCCACCAACCACTTCGTGCCGGTGTGGAACCCCTACATGCCCAAGGGCGCG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP01639
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23365585|gb|BU653405.1|BU653405
EST:     ATCAACTCCAACGTGCCGCGCTTCCTCAACATCGTCAACGCCATGCACAG                         CGTGGTGGGCTCGGCGCCTCTGTCCGCCATCAGCCGCGCGCTCAACGCCGC
genomic: ATCAACTCCAACGTGCCGCGCTTCCTCAACATCGTCAACGCCATGCACAGgtgtgcatgg ... gcacccacagCGTGGTGGGCTCGGCGCCTCTGTCCGCCATCAGCCGCGCGCTCAACGCCGC
EST: gi|10773816|gb|AV624639.1|AV624639
EST:     ATCAACTCCAACGTGCCGCGCTTCCTCAACATCGTCAACGCCATGCACAG                         CGTGGTGGGCTCGGCGCCTCTGTCCGCCATCAGCCGCGCGCTCAACGCCGC
genomic: ATCAACTCCAACGTGCCGCGCTTCCTCAACATCGTCAACGCCATGCACAGgtgtgcatgg ... gcacccacagCGTGGTGGGCTCGGCGCCTCTGTCCGCCATCAGCCGCGCGCTCAACGCCGC
EST: gi|6543535|gb|AV389319.1|AV389319
EST:     ATCAACTCCAACGTGCCGCGCTTCCTCAACATCGTCAACGCCATGCACAG                         CGTGGTGGGCTCGGCGCCTCTGTCCGCCATCAGCCGCGCGCTCAACGCCGC
genomic: ATCAACTCCAACGTGCCGCGCTTCCTCAACATCGTCAACGCCATGCACAGgtgtgcatgg ... gcacccacagCGTGGTGGGCTCGGCGCCTCTGTCCGCCATCAGCCGCGCGCTCAACGCCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggccacactgaacaccccttgtgtcgcggctgccctcctgctccgcacccacagCGTGGTGGGCTCGGCGCCTCTGTCCGCCATCAGCCGCGCGCTCAACGCCGCCACCAACCACTTCGTGCCGGTGTGGAACCCCTACATGCCCAAGGGCGCG
                                 ccctcctgctccgc  CT-rich tract