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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgggggcgggggcagctggtgggagcggtgtgcgtggcttgcccaccactgcatgggcgcacggctattgcggtggcttccttacgtgatttgggcgggctcccggcatccgtgctccttgtcccacccctcccgccgcttcgcttctgcactgcctccctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTGGGCGCGCGCATTGCCGCCAAGCTGCAGGGCCGCGGCTGCCTGTAGGTGG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP00871
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22054028|gb|BQ811113.1|BQ811113
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|22054029|gb|BQ811114.1|BQ811114
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|22054030|gb|BQ811115.1|BQ811115
EST:     GGTTTGTGGTTCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|22076143|gb|BQ824919.1|BQ824919
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGT
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGT
EST: gi|15369143|gb|BI528569.1|BI528569
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|14227440|gb|BG846256.1|BG846256
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|22076142|gb|BQ824918.1|BQ824918
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|22071020|gb|BQ820358.1|BQ820358
EST:     GACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|7687777|gb|AW758423.1|AW758423
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|23361191|gb|BU649011.1|BU649011
EST:     GACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGGGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|15691957|gb|BI716262.1|BI716262
EST:     GGTTTGTGGTTCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|34983593|gb|CF557510.1|CF557510
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|10127159|gb|BE725863.1|BE725863
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGG
EST: gi|22064854|gb|BQ816063.1|BQ816063
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|22072693|gb|BQ822031.1|BQ822031
EST:     GGTTTGTGGTTCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|18690292|gb|BM519140.1|BM519140
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|14230365|gb|BG849181.1|BG849181
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|8286609|gb|BE024168.1|BE024168
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|22075187|gb|BQ823947.1|BQ823947
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|22055484|gb|BQ811846.1|BQ811846
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
EST: gi|22076227|gb|BQ825003.1|BQ825003
EST:     GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAG                         GAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG
genomic: GGTTTGTGGTGCGGGTGGCGGACATGCTGGCGGACCCCCGCTGCACGCAGgtgcgggggc ... cctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctccttgtcccacccctcccgccgcttcgcttctgcactgcctccctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTGGGCGCGCGCATTGCCGCCAAGCTGCAGGGCCGCGGCTGCCTGTAGGTGG
                              cttctgcactgcctcc  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtgcgggggcgggggcagctggtgggagcggtgtgcgtggcttgcccaccactgcatgggcgcacggctattgcggtggcttccttacgtgatttgggcgggctcccggcatccgtgctccttgtcccacccctcccgccgcttcgcttctgcactgcctccctctcacagGAGATCCGGCGCATCTGGGTGGGCTACTGGTCCCAGGCCGACCCGCAGCTGGGCGCGCGCATTGCCGCCAAGCTGCAGGGCCGCGGCTGCCTGTAGGTGG

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG