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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cctgtgcgtgtgtgcctgcactaggcgtgctgggccccgctggcaccgggtctgagacacatgcccgctttctgcccacctgccgcctgccgccccgcagTCTGGGCCAGGGCAACGCGCCCGAGGGCAAGCAGAAGTCGCTG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP05767
intron # 11
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccgggtctgagacacatgcccgctttctgcccacctgccgcctgccgccccgcagTCTGGGCCAGGGCAACGCGCCCGAGGGCAAGCAGAAGTCGCTG
                                            ccgcccc  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cctgtgcgtgtgtgcctgcactaggcgtgctgggccccgctggcaccgggtctgagacacatgcccgctttctgcccacctgccgcctgccgccccgcagTCTGGGCCAGGGCAACGCGCCCGAGGGCAAGCAGAAGTCGCTG

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- - - - tgtgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agacaca