1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...cacgaacacataccaaacacgcgcacaaggccagaagcgcgccagcatataaggatttgcttttgtccgacatattgaatgttgacatgtctgatgacagGACCGCGGCTGCGATAACTTCGATGTGGTGGAGAAGGCCACCACCTCGCCCGCCTCCGTGCTGGTCG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO96667 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
catataaggatttgcttttgtccgacatattgaatgttgacatgtctgatgacagGACCGCGGCTGCGATAACTTCGATGTGGTGGAGAAGGCCACCACCTCGCCCGCCTCCGTGCTGGTCG
atattgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cacgaacacataccaaacacgcgcacaaggccagaagcgcgccagcatataaggatttgcttttgtccgacatattgaatgttgacatgtctgatgacagGACCGCGGCTGCGATAACTTCGATGTGGTGGAGAAGGCCACCACCTCGCCCGCCTCCGTGCTGGTCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - -acacata
- - - - - - - aaacacg
- - - - - - - - - - - gcacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cgacata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgacatg