Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttctatccttatacttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G58330.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G58330.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA20G33380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
---------------gtatgttctatccttat--acttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG
               || |  |  || ||| |  | ||  ||  || || | |       | | |  |  || | |  |    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| || || ||||| || |||
gtaagtttgtttactgtgttcttcattctttttaatttctaaaattgcttttgtccctcctgtgacgaaagtttttatccattagGGTGATGGTGATTATGAACTTGTCAAGGATGTCATATTTGATGACTACCTCCGGCAGCGAATAGCTAAG

upper sequence: AT5G58330.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA10G34150.2 (Glycine max), 3'ss of exon 11
---------------gtatgttctatccttat--acttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG
               || |  |  || ||| |  | ||  |    | || | |   || || | |  |  || |  | | |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| |  || ||||| || |||
gtaagtttgtttactgtgttcttcattctttttaatttctataactgctattgtcctatgtgtgacgaaagttttatccat-tagGGTGATGGCGATTATGAACTTGTCAAGGATGTCATATTTGATGACTACCTCCAGCAGCGAATAGCTAAG

upper sequence: AT5G58330.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA10G34150.3 (Glycine max), 3'ss of exon 11
---------------gtatgttctatccttat--acttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG-------------------------------
               || |  |  || ||| |  | ||  |    | || | |   || || | |  |  || |  | | |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| |  || ||||| || |||                               
gtaagtttgtttactgtgttcttcattctttttaatttctataactgctattgtcctatgtgtgacgaaagttttatccat-tagGGTGATGGCGATTATGAACTTGTCAAGGATGTCATATTTGATGACTACCTCCAGCAGCGAATAGCTAAGGTATGAAACTTCATACATTTTATGCCACAAC

upper sequence: AT5G58330.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv13s0019g05250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
--------------gtatgttctatccttatacttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgct-tacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG
                |  || |    || | || |||   ||  | |  |   |  ||| |||  |   |  || | | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||| | | | |||||  |||||
gtaagtctatggtcagagattttcatgttctgctcaaa---ttcatttgaaatcatctctaaaacataaatactgttcttcagGGAGATGGTGACTATGAACTTGTCAAGGATGTAATATTTGATGAATACCTCCTCAAGCGAATAACCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86080979|gb|DR376736.1|DR376736
EST:     CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG                         GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: gi|125107010|gb|EL160399.1|EL160399
EST:     CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG                         GGAGATAGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGT
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGAT-GGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGT
EST: gi|124749088|gb|EH839218.1|EH839218
EST:     TTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG                         GGAGATGGAGATTATGAACTTGCCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
genomic: TTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: gi|86078149|gb|DR373906.1|DR373906
EST:     CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCTATGCCGGTCGAAG                         GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: gi|86081501|gb|DR377258.1|DR377258
EST:     CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG                         GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: gi|124766859|gb|EH856989.1|EH856989
EST:     CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG                         GGAGATGGAGATTA
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTA
EST: gi|116454053|gb|EG496645.1|EG496645
EST:     CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATACCGGTCGAAG                         GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: gi|164022412|gb|ES116807.1|ES116807
EST:     CATGCCGGTCGAAG                         GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
genomic: CATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: gi|124708397|gb|EH799799.1|EH799799
EST:     GGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG                         GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAA
genomic: GGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAA
EST: gi|124705116|gb|EH796518.1|EH796518
EST:     CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG                         GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGG
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatacttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG
                                tcaaaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttctatccttatacttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG