1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gcaagttcaatctctaggaatgctaatatcggtctgatcgtagctagatagccccacctaaaagtctttctaacagtcaacaacgtatacgatttgacagTTAGACGGCCTTGGGAATGCAAGGAGATCCCTTAAT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G22620.2 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCCCTATCACAAAACCCGCCTGAAGAATCTTGTCTTAAACCCCGATAAA TTAGACGGCCTTGGGAATGCAAGGAGATCCCTTAATEST: gi|164223688|gb|ES214640.1|ES214640
genomic: T-CCCTATCACAAAACCCGCCTGAAGAATCTTGTCTTAAACCCCGATAAAgttacggtaa ... gatttgacagTTAGACGGCCTTGGGAATGCAAGGAGATCCCTTAAT
EST: ATCCCTATCNCAAAACCCGCCTGAAGAATCTTGTNTTAAACCCCGATAAA TTAGACGGCCTTGGGAATGCAAGGAGATCCCTTAATEST: gi|164163253|gb|ES022795.1|ES022795
genomic: ATCCCTATCACAAAACCCGCCTGAAGAATCTTGTCTTAAACCCCGATAAAgttacggtaa ... gatttgacagTTAGACGGCCTTGGGAATGCAAGGAGATCCCTTAAT
EST: ATCCCTATCACAAAACCCGCCTGAAGAATCTTGTCTTAAACCCCGATAAA TTAGACGGCCTTGGGAATGCAAGGAGATCCCTTAAT
genomic: ATCCCTATCACAAAACCCGCCTGAAGAATCTTGTCTTAAACCCCGATAAAgttacggtaa ... gatttgacagTTAGACGGCCTTGGGAATGCAAGGAGATCCCTTAAT
agatagccccacctaaaagtctttctaacagtcaacaacgtatacgatttgacagTTAGACGGCCTTGGGAATGCAAGGAGATCCCTTAAT
ttctaac putative branch site (score: 1)
taaaagt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcaagttcaatctctaggaatgctaatatcggtctgatcgtagctagatagccccacctaaaagtctttctaacagtcaacaacgtatacgatttgacagTTAGACGGCCTTGGGAATGCAAGGAGATCCCTTAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agcccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caacaac