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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtcttctccttaaggaatgaatattcagcacagaactcgagtgatcttattcgtcatttgcattttcagGGATGTATCTTATAATCAGATTACCGGAGTTATACCCTACAATATTGGTTTCCTCCAAGTAGCTACTCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G07180.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|309381098|gb|HO850319.1|HO850319
EST:     ACTGGAACTATCCCAGAGAGCATTGGCAATTGCACAAGCTTTGAGATCTT                         GGATGTATCTTATAATCAGATTACCGGAGTTATACCCTACAATATTGGTTT
genomic: ACTGGAACTATCCCAGAGAGCATTGGCAATTGCACAAGCTTTGAGATCTTgtatgtgtct ... gcattttcagGGATGTATCTTATAATCAGATTACCGGAGTTATACCCTACAATATTGGTTT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaatgaatattcagcacagaactcgagtgatcttattcgtcatttgcattttcagGGATGTATCTTATAATCAGATTACCGGAGTTATACCCTACAATATTGGTTTCCTCCAAGTAGCTACTCT
                                              cattttc  CT-rich tract
     aatattca  TA-rich tract