Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcatgatgtttttcttttcatctgactgttcaacttcttttgatgtaccactcctgttttgttgaacaagcatttttatcattttcagGTGACAGAGTTAAATTTGTAGGTCCTTCGGCTTCTGCAATTTCTTCTCTTCAAGGCCAGCTTAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G02480.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125040599|gb|EL112868.1|EL112868
EST:     AAAACAAGAAGTGTCAACAGCAACTTCTAAAAGTTACACATTCAAAGCAG                         GTGACAGAGTTAAATTTGTAGGTCCTTC
genomic: AAAACAAGAAGTGTCAACAGCAACTTCTAAAAGTTACACATTCAAAGCAGgcatgatgtt ... tcattttcagGTGACAGAGTTAAATTTGTAGGTCCTTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttcttttgatgtaccactcctgttttgttgaacaagcatttttatcattttcagGTGACAGAGTTAAATTTGTAGGTCCTTCGGCTTCTGCAATTTCTTCTCTTCAAGGCCAGCTTAG
    ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                       tttttatcattttc  putative PPT
                                      atttttatcattttca  TA-rich tract