Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttttattagtactaaattacgaatagttctagatttagttttgttttcatatgaatgttgttgacatgtatgaaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGATGAACCAGTAGCTGGTTTGCCTTCAAGCAAGAATGTGTTTAGGGTTGATA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G01610.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164023016|gb|ES160214.1|ES160214
EST:     GTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: GTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|125153730|gb|EL184733.1|EL184733
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAG
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAG
EST: gi|116481390|gb|EG523982.1|EG523982
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|116483179|gb|EG525771.1|EG525771
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|164131353|gb|ES010431.1|ES010431
EST:     GGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: GGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|124889859|gb|EH968761.1|EH968761
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGG
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGG
EST: gi|164113493|gb|ES161325.1|ES161325
EST:     GGTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAC                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: GGTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|125188929|gb|EL203883.1|EL203883
EST:     TTGATGGCAAATTCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATA
genomic: TTGATGGCAAA-TCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATA
EST: gi|124834933|gb|EH919372.1|EH919372
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAA
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAA
EST: gi|124730141|gb|EH821543.1|EH821543
EST:     CAAATCAATGGAACAGAGGCT-GGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: CAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|125211479|gb|EL226433.1|EL226433
EST:     ATGGCAAATCAATGGAACAGATGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: ATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|116483180|gb|EG525772.1|EG525772
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|125043859|gb|EL116128.1|EL116128
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAA
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAA
EST: gi|86077484|gb|DR373241.1|DR373241
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|163965954|gb|ES064886.1|ES064886
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAA
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAA
EST: gi|124971005|gb|EL044801.1|EL044801
EST:     TTATTGGTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: TTATTGGTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|125035407|gb|EL107676.1|EL107676
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATT-CATGATAAGGAGAGGAAC
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctagatttagttttgttttcatatgaatgttgttgacatgtatgaaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGATGAACCAGTAGCTGGTTTGCCTTCAAGCAAGAATGTGTTTAGGGTTGATA
                               tgttgac  putative branch site (score: 3)
     atttagttttgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtttttattagtactaaattacgaatagttctagatttagttttgttttcatatgaatgttgttgacatgtatgaaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGATGAACCAGTAGCTGGTTTGCCTTCAAGCAAGAATGTGTTTAGGGTTGATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA