Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttcactttctcctgattagaaatctttcagctcacattcaatgcaatccatttcctaacatcaacatgcttaatttcaatgcaagccatttcctaatcattgaggctcttgatgtttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACATGAAGTCACCAAGTCATCTTAAATCATTTACTTACATGTTTCAGCCAAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G30970.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86044665|gb|DR340420.1|DR340420
EST:     CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAG                         TATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
genomic: CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAGgtacttcact ... ttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
EST: gi|164095668|gb|ES031330.1|ES031330
EST:     CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAG                         TATGGCTGGTGTTACAACAGGA
genomic: CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAGgtacttcact ... ttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGA
EST: gi|124892201|gb|EH971103.1|EH971103
EST:     CTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAG                         TATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
genomic: CTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAGgtacttcact ... ttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
EST: gi|125267153|gb|EL281238.1|EL281238
EST:     GCTTAACAAGCGAATATCACATCTATTATGACCCGTAACGGCCGTATCAG                         TATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
genomic: GCTTAACAAGCGAATATCACATCTA-TATGACCCGTAACGGCCGTATCAGgtacttcact ... ttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
EST: gi|116440949|gb|EG483541.1|EG483541
EST:     CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAG                         TATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGGGGGATACCTTGGGAATGCTATACA
genomic: CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAGgtacttcact ... ttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
EST: gi|86079557|gb|DR375314.1|DR375314
EST:     CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAG                         TATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
genomic: CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAGgtacttcact ... ttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
EST: gi|125311543|gb|EL325628.1|EL325628
EST:     CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAG                         TATGGCTGGTGTTACAACAGGAAAC
genomic: CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAGgtacttcact ... ttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAAC
EST: gi|86044669|gb|DR340424.1|DR340424
EST:     CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAG                         TATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
genomic: CGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAGgtacttcact ... ttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
EST: gi|124854883|gb|EH939320.1|EH939320
EST:     ATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAG                         TATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
genomic: ATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAGgtacttcact ... ttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACA
EST: gi|124771426|gb|EH861556.1|EH861556
EST:     GCTTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAG                         TATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGA
genomic: GC-TTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAGgtacttcact ... ttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatttcaatgcaagccatttcctaatcattgaggctcttgatgtttggttgcagTATGGCTGGTGTTACAACAGGAAACGTGGGATACCTTGCGAATGCTATACATGAAGTCACCAAGTCATCTTAAATCATTTACTTACATGTTTCAGCCAAA
                       taatcatt  TA-rich tract