Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatttccatggaatttgtctttgcgttgttctatttatgttacagctcccttctcattggtgtctctatgattataaacagATCAACATGAAAGGTTTAGATGGCATACAAGGACCGATATATGTGGGGACCGGGTGTGTCTTCAGAAGGCAAGCACTTTATGGATTTGATGCACCAAAGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G21770.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G21770.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G840940_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtatgatttccatggaatttgtctttgcgttgttctatttatgttacagct--cccttctcattggtgtctctatgat-------tataaacagATCAACATGAAAGGTTTAGATGGCATACAAGGACCGATATATGTGGGGACCGGGTGTGTCTTCAGAAGGCAAGCACTTTATGGATTTGATGCACCAAAGA
|||||  |  |||| ||||  |  |  | || |   |   |  ||  || |     |    |   || |||  || ||       | |   ||||| |||||||||||| | ||||| || |||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||| || ||  | ||||| | |||||| ||||   
gtatgtatggcatg-aattcattctaactttatctgaaagacattgaagatagtattctgaacaagtttctgcattatctacttctctttgcagATTAACATGAAAGGTCTTGATGGGATCCAAGGACCAATATATGTTGGGACTGGTTGTGTTTTCAGAAGACATGCTTTGTATGGTTATGATGCCCCAACTG

upper sequence: AT2G21770.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA08G15380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtatgatttc-catggaatttgtctttgcgttgttctatttatgttacagctcccttctc-----attggtgtctctatgattataaacagATCAACATGAAAGGTTTAGATGGCATACAAGGACCGATATATGTGGGGACCGGGTGTGTCTTCAGAAGGCAAGCACTTTATGGATTTGATGCACCAAAGA
||| | |||| | |    ||| | |    |||   ||  || | || |||  |  |  |      | |  |  |||    |||  |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||    |
gtaagttttctcttcctctttttttgcttgtttgactgcttttctttcagtcctttaatatggcaactactaactccccaattgaaaacagATTAACATGAAAGGATTGGATGGGATACAAGGTCCAATATATGTCGGAACTGGATGTGTTTTCAGAAGGTACGCACTTTATGGATATGATGCACCTGCCA

upper sequence: AT2G21770.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA05G32100.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtatgatttccatggaatttgtctttgc--gttgttctatttatgttacagctcccttctc-----attggtgtctctatgattataaacagATCAACATGAAAGGTTTAGATGGCATACAAGGACCGATATATGTGGGGACCGGGTGTGTCTTCAGAAGGCAAGCACTTTATGGATTTGATGCACCAAAGA
||| | ||||  |   | || |||||||  |||   ||  || | ||   | ||  |  |        |  |  |||    |||  |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||    |
gtaagttttctcttccaattttctttgcttgtttgactgcttttcttttggttctttagtatggcagcttctaactccccaattgaaaacagATTAACATGAAAGGATTGGATGGGATACAAGGTCCAATATATGTCGGAACGGGATGTGTTTTCAGAAGGTACGCACTTTATGGATATGATGCACCTGCCA

upper sequence: AT2G21770.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv07s0031g02060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtatgatttccatggaatttgtctttgcgttgttctatt-tatgttacagctcccttctcattggtgtctctatgattataaacagATCAACATGAAAGGTTTAGATGGCATACAAGGACCGATATATGTGGGGACCGGGTGTGTCTTCAGAAGGCAAGCACTTTATGGATTTGATGCACCAAAGA
|||||  | || |    |||   |||   |   | |||| | | ||| |    | ||   |  | ||  | |   |||  |||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||    |
gtatgtatacctttttcttttcttttttttccctttattgtttcttata---tcattgggaaagctgatttttcaattg-aaacagATTAACATGAGAGGCTTAGATGGTATACAAGGACCGATATATGTTGGAACCGGTTGTGTCTTCAGAAGGCAAGCACTTTATGGTTATGATGCTCCTGTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttctatttatgttacagctcccttctcattggtgtctctatgattataaacagATCAACATGAAAGGTTTAGATGGCATACAAGGACCGATATATGTGGGGACCGGGTGTGTCTTCAGAAGGCAAGCACTTTATGGATTTGATGCACCAAAGA
                                      tctatgattataaa  TA-rich tract