Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattcttttaatccttcattctctgtgtcactatcctagctcagtgggtttgatttccaagtatgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTCCGTTTCCAATTGCCAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G20360.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116401381|gb|EG443973.1|EG443973
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|116401379|gb|EG443971.1|EG443971
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|125129542|gb|EL173252.1|EL173252
EST:     CCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: CCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|124819019|gb|EH903885.1|EH903885
EST:     CGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTAGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCT
genomic: CGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGT-GAATGGCCTCGGTATGTGAAGCT
EST: gi|116401374|gb|EG443966.1|EG443966
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|116401371|gb|EG443963.1|EG443963
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|116401378|gb|EG443970.1|EG443970
EST:     AATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: AATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|116401372|gb|EG443964.1|EG443964
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|116401376|gb|EG443968.1|EG443968
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|116383740|gb|EG426332.1|EG426332
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|116383739|gb|EG426331.1|EG426331
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|116383744|gb|EG426336.1|EG426336
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATG
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATG
EST: gi|116387790|gb|EG430382.1|EG430382
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|116383737|gb|EG426329.1|EG426329
EST:     GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATG
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATG
EST: gi|116401380|gb|EG443972.1|EG443972
EST:     ATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: ATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|163976750|gb|ES185874.1|ES185874
EST:     GAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
genomic: GAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: gi|125294814|gb|EL308899.1|EL308899
EST:     ATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG                         GCAGAGATCATGTATGATA
genomic: ATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctctgtgtcactatcctagctcagtgggtttgatttccaagtatgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTCCGTTTCCAATTGCCAAG
                             gtttgat  putative branch site (score: 5)
                              tttgattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaattcttttaatccttcattctctgtgtcactatcctagctcagtgggtttgatttccaagtatgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTCCGTTTCCAATTGCCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC