Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatattttgaacccaggttgtgagattacgtttttccgtacacttaactaacaacaaactttttacttcatatgaatttatgtaggttctaatctgagagttctaatcttgattatgtccataacagGCTGGAACTTATGTGAAAGAGGATGTATGGCACGCGCTGATTGTTGTAATAACAAATGCCCCTGATCTCCATGGGTACACTGTCAGGGCTTTGTATAGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G60070.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124953755|gb|EL028909.1|EL028909
EST:     TCCAGAGAAAATCTGGTACATTGATCAAATGCTAAAGGTTTCTATCTGAG                         GCTGGAACTTATGTGAAAGAGGATGTATGGCACGCG
genomic: TCCAGAGAAAATCTGGTACATTGATCAAATGCTAAAGG-TTCTATCTGAGgtatattttg ... tccataacagGCTGGAACTTATGTGAAAGAGGATGTATGGCACGCG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaatttatgtaggttctaatctgagagttctaatcttgattatgtccataacagGCTGGAACTTATGTGAAAGAGGATGTATGGCACGCGCTGATTGTTGTAATAACAAATGCCCCTGATCTCCATGGGTACACTGTCAGGGCTTTGTATAGAG
                                    ttgattat  TA-rich tract