Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactctttacttcttgtcactgtgaatgatatagaaactataaatgtgaactttgagtaattctttgcttctattttatctattgaaagGAAGGAAGCCAAGAGACTATGGCAACTATGATGGGTATGTCATTGGGAATGTTGCTAGCTCGGTTTACCTCTGGAAACCCTATGGCTATTTGGCTTTCGT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G13770.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19876024|gb|AU236855.1|AU236855
EST:     TAACACAGCACTTTGCTCTTCAAGACAATGCAGCGGATATATCTGCTAAG                         GAAGGAAGCCAAGAGACTATGGCAA
genomic: TAACACAGCACTTTGCTCTTCAAGACAATGCAGCGGATATATCTGCTAAGgtactcttta ... ctattgaaagGAAGGAAGCCAAGAGACTATGGCAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaactataaatgtgaactttgagtaattctttgcttctattttatctattgaaagGAAGGAAGCCAAGAGACTATGGCAACTATGATGGGTATGTCATTGGGAATGTTGCTAGCTCGGTTTACCTCTGGAAACCCTATGGCTATTTGGCTTTCGT
                          ttctttgcttctattt  CT-rich tract
                                     tattttatctattgaa  TA-rich tract