Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgcatacatctacttatggagctcatgcttcctcctctacaagtgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG
Basic information
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G12360.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: AT1G12360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G012942_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgcatacatctacttatggagctcatgcttcctcctctaca-agtgtt-atatgattagcagcatttgcttgttttgaatg-tctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG
|| | || || | || | | | | || | || | || || || |||| | ||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||| || ||||| || || || | |
---------------------------------------------------------------------gtaggtggtgaattccagtttacacatttccatattgctgatgcatcctttgatatcatgtttccttgagcactacagATTGCACCAATTATTCATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTATTGTGTATGGATGGCAACAAGTACGTGCAAGAG
upper sequence: AT1G12360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA17G14450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgc-atacatctacttatggagctcatgcttcctcctctacaagtgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG
|||| ||| || |||| | || || | | | | | | | || | | || | || || || || | || || || | |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||| ||||| |||||||| |||| |
--------------------------------------------gtttcttatctccatttgccagttatggacgtgtagtattatttcaacaaactgttatcatattgctt-ataaggaggatgc---tattctggatttgtagATTGCTCCTGTGATACATGAATGGACATATGATGCCATGTGCCGTGATTTGTTGAATATGGAGGGAAATAAATATGTTCATGAG
upper sequence: AT1G12360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA05G03970.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgcatacatctacttatggagctcatgcttcctcctctacaag-tgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG
|||| ||| || |||| | ||||||| | || | || |||| |||||| ||| | | | || || || | |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||| ||||| |||||||| |||| |
--------------------------------------------gtttcttatctccatttgc-------cagttatggatgt-gtggtattatttcaacaaactgttatcatattgcttataatg--ctattctggatatgtagATTGCTCCTGTGATACATGAATGGACATATGATGCCATGTGCCGTGATTTGTTGAATATGGAGGGAAATAAATATGTTCATGAG
upper sequence: AT1G12360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
gtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgcatacatctacttatggagctcatgcttcctcctctacaagtgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG
| | | | |||| ||| || | | || ||| | | ||||||| || | || || || | |||||||| ||| | |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||
---------------------------------------------------gttttccctctctcacattcactgattatgatt-tggttcacggattgtctattttatatgg---gctgacaatgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
upper sequence: AT1G12360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: PP1S468_8V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 9
gtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgcatacat-ctacttatggagct-catgcttcctcctctacaagtgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtct--agATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG
| | | |||| || | || || | ||| |||| | | | | | || | || | || |||| | | ||||| | || | | || ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| | |||| | ||||| ||||| ||| | | |
----------------------------------------------tcacagcagatcaatgcacacttgctcaacattgtgctgcatgttatcaaaaagatcacttttg-acaatgtgaag-atttccatccaatgaattattgcagGTGACTCCGGTTATACATGAGTGGTCGTATGATGCAATGTGCCATGATCTTTTGAATTTAGAAGGCAACAAGTATTCTTACGAG
upper sequence: AT1G12360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgcatacatctacttatggagctcatgcttcctcctctacaagtgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG
| | | |||| | || || | | || ||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||| ||||| |||||||| || ||| |
----------------------------------------------------------------------------------------------------gtaagatgcaacgttaggaccaccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG
upper sequence: AT1G12360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ06496 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgcatacatctacttatggagctcatgcttcctcctctacaagtgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG
| | | |||| | || || | || ||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||| ||||| |||||||| || ||| |
----------------------------------------------------------------------------------------------------gtaagatgcaacgttaggaccaccattttccatgagtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tcctcctctacaagtgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG
ttatatgatta TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgcatacatctacttatggagctcatgcttcctcctctacaagtgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA