Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatcttcttttacactcatttggataacaataagatagattggttcaagttttaacagggttgtgttaatgtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G58330.3
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86080979|gb|DR376736.1|DR376736
EST:     TAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGG                         GTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
genomic: TAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGGgtacatcttc ... gtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
EST: gi|86078149|gb|DR373906.1|DR373906
EST:     TAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGG                         GTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
genomic: TAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGGgtacatcttc ... gtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
EST: gi|124771297|gb|EH861427.1|EH861427
EST:     AAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGG                         GTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
genomic: AAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGGgtacatcttc ... gtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
EST: gi|124878258|gb|EH957695.1|EH957695
EST:     GAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGG                         GTGTACACGGATGGGAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
genomic: GAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGGgtacatcttc ... gtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
EST: gi|86081501|gb|DR377258.1|DR377258
EST:     TAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGG                         GTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
genomic: TAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGGgtacatcttc ... gtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
EST: gi|124766859|gb|EH856989.1|EH856989
EST:     AGGGTGATTGGTTTTCGACTGGG                         GTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
genomic: AGGGTGATTGGTTTTCGACTGGGgtacatcttc ... gtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
EST: gi|116454053|gb|EG496645.1|EG496645
EST:     TAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGG                         GTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
genomic: TAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGGgtacatcttc ... gtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGT
EST: gi|125280515|gb|EL294600.1|EL294600
EST:     TAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGG                         GTGTACACGGATGGAAATCCTTA
genomic: TAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGGgtacatcttc ... gtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacaataagatagattggttcaagttttaacagggttgtgttaatgtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG
                                      tgttaatgtaaattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacatcttcttttacactcatttggataacaataagatagattggttcaagttttaacagggttgtgttaatgtaaatttagGTGTACACGGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG