Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatatttaacgtcatatatgtgacttgttttctttaagttgtttcctgtttggtctaacgtagatggcctcacattaattgtcacagGCACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTTATGATGCTTATGGCGTATCTTTCTTATATGCTTGCTGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G27150.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G27150.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os07g47100.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtacatatttaacgtcatatatgtgacttgttttctttaagttgtttcctgtttggt-ctaacgtagatggcctcacattaattgtcacagGCACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTTATGATGCTTATGGCGTATCTTTCTTATATGCTTGCTGAG
     || ||||   || | |    ||     ||  ||||   ||||  || |  ||  |||| | ||||        | | |  |  |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||
---gttagttaagcccaaaca---aaccctcattagttaa-cggttttatgctcagtgttaacttggatgttg----gtgactgattccagGCATTCTACTGACCGTGAGGTTGCCCTTATGATGCTCATGGCTTACCTTTCATATATGCTGGCTGAG

upper sequence: AT5G27150.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G027851_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
---gtacatatttaacgtcatatat--gtgacttgttttctttaagttgtttcctgtttggtctaacgtagatggcctcacattaattgtcacagGCACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTTATGATGCTTATGGCGTATCTTTCTTATATGCTTGCTGAG
      || | |      ||  ||   || |    | || |  |  | |    |     |   |||| | | ||  ||  |  |  |  |  |||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || || || ||||| || |||
gtgagtcaaactaggaaacacttactagtcaacgatgttatacacttcgagaacatcaagtattaacttggctg--cttgctgtcctgatttcagGCATTCCACTGACCGTGAGGTTGCGCTTATGATGCTCATGGCTTACCTCTCCTACATGCTGGCCGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125222565|gb|EL236650.1|EL236650
EST:     ATAAGTGCGTATGTTATCAAGAAGCTATACTTTGGAAG                         GCACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTTATGATGCTTATGGCGTATCTTTC
genomic: ATAAGTGCGTATGTTATCAAGAAGCTATACTTTGGAAGgtacatattt ... attgtcacagGCACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTTATGATGCTTATGGCGTATCTTTC
EST: gi|125319226|gb|EL333311.1|EL333311
EST:     ACCGGTCTGATAAGTGCGTATGTTATCAAGAAGCTATACTTTGGAAG                         GCACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTTATGATGCTTA
genomic: ACCGGTCTGATAAGTGCGTATGTTATCAAGAAGCTATACTTTGGAAGgtacatattt ... attgtcacagGCACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTTATGATGCTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaagttgtttcctgtttggtctaacgtagatggcctcacattaattgtcacagGCACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTTATGATGCTTATGGCGTATCTTTCTTATATGCTTGCTGAG
                                       acattaatt  TA-rich tract