Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcccctacttgtaaactaagatcctttcagttttatgctcagggtttggtatggtgattgaggcgtagttaagtgtgtgtgtgagtatgtagaggtgtctatactctttacaggctgatattgatgcagGTCGAACAATCTGAAATCGAAGGAAAACTGAACCAATTGACAGTAGAGGTTGAGAAGGCTGAATCATTGGTTTCCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G07660.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164001885|gb|ES106953.1|ES106953
EST:     TTGAACGACAGATTGAGGATATTAATGAAATGACTATAAGAAGCACACAG                         GTCGAACAATC
genomic: TTGAACGACAGATTGAAGATATTAATGAAATGACTATAAGAAGCACACAGgtcccctact ... attgatgcagGTCGAACAATC
EST: gi|164163204|gb|ES117218.1|ES117218
EST:     TTGAACGACAGATTGAGGATATTAATGAAATGACTATAAGAAGCACACAG                         GTCGAACAATC
genomic: TTGAACGACAGATTGAAGATATTAATGAAATGACTATAAGAAGCACACAGgtcccctact ... attgatgcagGTCGAACAATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgtgtgtgagtatgtagaggtgtctatactctttacaggctgatattgatgcagGTCGAACAATCTGAAATCGAAGGAAAACTGAACCAATTGACAGTAGAGGTTGAGAAGGCTGAATCATTGGTTTCCAG
                                            tattgat  putative branch site (score: 3)
                                           atattgat  TA-rich tract