Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattgttaattagataactagtagtagatcaaatatctaaagtctcgcatagtgtgttccttaatatcttaagttctaattctgtgtgtagGTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGTACTACGTGCGGCTTTACCAGTGGGAACAGTTAGTGGTGCACCAAAGGTCAAAGCTATGG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G05730.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116424183|gb|EG466775.1|EG466775
EST:     AGCTTATGAACATCGAACGTTATTCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACG                         GTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGTACTACGTGCG
genomic: AGCTTATGAACATCGAACGTTATTCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACGgtaattgtta ... ctgtgtgtagGTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGTACTACGTGCG
EST: gi|116424184|gb|EG466776.1|EG466776
EST:     AGCTTATGAACATCGAACGTTATTCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACG                         GTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGTACTACGTGCG
genomic: AGCTTATGAACATCGAACGTTATTCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACGgtaattgtta ... ctgtgtgtagGTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGTACTACGTGCG
EST: gi|116398981|gb|EG441573.1|EG441573
EST:     AGCTTATGAACATCGAACGTTATTCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACG                         GTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGT
genomic: AGCTTATGAACATCGAACGTTATTCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACGgtaattgtta ... ctgtgtgtagGTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGT
EST: gi|124710115|gb|EH801517.1|EH801517
EST:     TATTCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACG                         GTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGTACTACGTGCG
genomic: TATTCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACGgtaattgtta ... ctgtgtgtagGTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGTACTACGTGCG
EST: gi|124769297|gb|EH859427.1|EH859427
EST:     TCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACG                         GTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGTACTACGTGCG
genomic: TCCCATGTTATGCATATAAGCTCCACGgtaattgtta ... ctgtgtgtagGTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGTACTACGTGCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaaagtctcgcatagtgtgttccttaatatcttaagttctaattctgtgtgtagGTGACAGGAGAATTACAAGATGGTTTGACTTGCTGGGACGTACTACGTGCGGCTTTACCAGTGGGAACAGTTAGTGGTGCACCAAAGGTCAAAGCTATGG
                                     ttctaat  putative branch site (score: 2)
                        ttaatatcttaagttc  TA-rich tract