Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaagtctcgtaacaatgtctatgaaatacacctcggactctttcttggctaacagactttaattaagctttctactatttatcaaccaaacacagGTTGAAGTGTTATGCAGTATAAGGCACCCTAACATGGTTCTTCTGCTTGGAGCATGCCCAGAATGTGGATGCTTAGTGTATGAGTTCATGGCTAATGGGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G31230.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G31230.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv04s0008g02910.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtgaagtctcgtaacaatgtctatgaaatacacctcggactctttcttggc----taacagactttaattaagctttctactatttatcaaccaaacacagGTTGAAGTGTTATGCAGTATAAGGCACCCTAACATGGTTCTTCTGCTTGGAGCATGCCCAGAATGTGGATGCTTAGTGTATGAGTTCATGGCTAATGGGA
 |         | |   ||  | ||||   ||    |  ||  ||  | |     |  |||| || |   | ||| | ||    ||     |      |||||||||||  |  || | ||| | || |||||||||||||| || || ||||| |||||||| | ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||
attccaagctatgaatttgattctgaacagcaaactgagcttcttactagaactgtttcagaatt-agcaaggctgtatatatgtttctttctgcttgcagGTTGAAGTTCTCAGCTGCATACGCCATCCTAACATGGTTCTCCTCCTGGGAGCCTGCCCAGAGTATGGATGCTTGGTCTATGAGTACATGGCTAATGGGA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcttggctaacagactttaattaagctttctactatttatcaaccaaacacagGTTGAAGTGTTATGCAGTATAAGGCACCCTAACATGGTTCTTCTGCTTGGAGCATGCCCAGAATGTGGATGCTTAGTGTATGAGTTCATGGCTAATGGGA
                 tttaattaagcttt  TA-rich tract