1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtaagttccagagctgatcctttatactcactagactagattgattggtttcgtttctctgaggatccaactgctcacatgttggaagtttgttccctccttgacattgtttggaggtgtatttagagttgaaaattcagcttaagggtactattgggtgcagGATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGGTGCAGTGGGCTCCCCGAGCTGTTTGCTGTATATGTTCCTGCCTGCACAT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G16760.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCATGCATGCACTGCAGGATTGAAGTCTCTCACCACCACAGCCACTGCG GATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGGEST: gi|116441440|gb|EG484032.1|EG484032
genomic: CTCATGCATGCACTGCAGGATTGAAGTCTCTCACCACCACAGCCACTGCGgtaagttcca ... ttgggtgcagGATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGG
EST: CTCATGCATGCACTGCAGGATTGAAGTCTCTCACCACCACAGCCACTGCG GATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGGEST: gi|116448277|gb|EG490869.1|EG490869
genomic: CTCATGCATGCACTGCAGGATTGAAGTCTCTCACCACCACAGCCACTGCGgtaagttcca ... ttgggtgcagGATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGG
EST: CTCATGCATGCACTGCAGGATTGAAGTCTCTCACCACCACAGCCACTGCG GATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGGEST: gi|301501186|gb|HO206726.1|HO206726
genomic: CTCATGCATGCACTGCAGGATTGAAGTCTCTCACCACCACAGCCACTGCGgtaagttcca ... ttgggtgcagGATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGG
EST: CTCATGCATGCACTGCAGGATTGAAGTCTCTCACCACCACAGCCACTGCG GATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGGEST: gi|116479261|gb|EG521853.1|EG521853
genomic: CTCATGCATGCACTGCAGGATTGAAGTCTCTCACCACCACAGCCACTGCGgtaagttcca ... ttgggtgcagGATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGG
EST: CTCATGCATGCACTGCAGGATTGAAGTCTCTCACCACCACAGCCACTGCG GATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGG
genomic: CTCATGCATGCACTGCAGGATTGAAGTCTCTCACCACCACAGCCACTGCGgtaagttcca ... ttgggtgcagGATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGG
gtttggaggtgtatttagagttgaaaattcagcttaagggtactattgggtgcagGATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGGTGCAGTGGGCTCCCCGAGCTGTTTGCTGTATATGTTCCTGCCTGCACAT
ttgaaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttccagagctgatcctttatactcactagactagattgattggtttcgtttctctgaggatccaactgctcacatgttggaagtttgttccctccttgacattgtttggaggtgtatttagagttgaaaattcagcttaagggtactattgggtgcagGATGGCATTGAAGAATGTCGTAAGTTATGTGGTGGACATGGATACTTGTGGTGCAGTGGGCTCCCCGAGCTGTTTGCTGTATATGTTCCTGCCTGCACAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT