Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagataattggctttagctcatatgtgactttatctctattagtcttctgttatgtagtctaattgggtatctttcttagGCACTCGACTGATCGAGAAGTTGCCCTCATGATGCTTATGGCTTATCTTTCATATATGCTTGCTGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G05030.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G05030.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g47100.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtagataattggctttagctcatatgtgactttatct-ctattagtcttctgttatgt---agtctaa---ttgggtatctttcttagGCACTCGACTGATCGAGAAGTTGCCCTCATGATGCTTATGGCTTATCTTTCATATATGCTTGCTGAG
        || | || ||| || |     | | ||    ||   || || || |  ||   |   |     ||||  |    |   ||||| || ||||| || || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
-------gttag-ttaagcccaaacaaaccctcattagttaacggttttatgctcagtgttaacttggatgttggtgactgattccagGCATTCTACTGACCGTGAGGTTGCCCTTATGATGCTCATGGCTTACCTTTCATATATGCTGGCTGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgactttatctctattagtcttctgttatgtagtctaattgggtatctttcttagGCACTCGACTGATCGAGAAGTTGCCCTCATGATGCTTATGGCTTATCTTTCATATATGCTTGCTGAG
                                gtctaat  putative branch site (score: 3)
                                           tatctttctt  putative PPT
          tctatta  TA-rich tract